冠状病毒疫情于2019年末在中国湖北省武汉市爆发后，对日本的影响主要发生在2020年。2020年2月8日，在中国武汉住院的60多岁日本人患者死亡。1月16日左右开始发热，22日入院，在武汉的医院诊断为肺炎，1月28日新型冠状病毒测试呈阳性，高度怀疑感染，但未等到最终确诊结果即去世，死因被定义为“病毒性肺炎”。2月10日，中华人民共和国外交部在记者会上介绍感染新型冠状病毒的在华外国人死亡病例时将其包含在内，但未有回答他是否已确诊。2月28日，马来西亚确诊一宗日本人病例（马来西亚病例#24），为住在当地的41岁女性。同日下午，大韩民国大邱市亦确诊全国首宗日本人病例，为住在当地的50多岁女性。
从日本官方病例数据分析（数字自2020年1月6日起计），截至2020年3月6日中午，日本国内（不含邮轮）已有7476人在疑似症报告制度下接受病毒测试（不含各地在制度外自行检测数字，如出院前的确认检测等；自3月4日起算入密切接触者检查数字），其中829人是撤侨包机乘客，6647人是其他。确诊感染者中，已有6人死亡，69人离开医院，4人曾由危重症改善为轻中症，30人仍危重，307人是日本国籍。另有1名机场检疫患者，官方未计入上述数字。
搭载着3711人（含船员）的豪华邮轮“钻石公主号”（ 英国伦敦籍），2月3日晚上在横滨港大黑码头（日语：大黒埠頭）靠岸。由于船上曾经有一名80岁的香港男子被确诊感染新型冠状病毒，日本厚生劳动省2月3日开始对邮轮实施大规模检疫。
2月20日，日本公布2名日本乘客确诊感染后不治，亦是邮轮首次有乘客不治。其中一人是住在神奈川县的87岁男性，10日开始发热，翌日呼吸困难，下船治疗；15日呼吸恶化，插喉，19日血压降低，呼吸进一步恶化，20日确认死亡，死因为新型冠状病毒及自身的哮喘疾病，是首宗正式死因确定为感染新型冠状病毒的病例。另一人是住在东京都的84岁女性，因持续发热，12日下船治疗，呼吸状态恶化后，14日开始戴氧气罩，20日确认死亡，死因为肺炎。厚生劳动省指2人可能是在2月5日前感染。
2月23日，1名曾乘船的80余岁日本男性死亡，邮轮乘客死亡病例增至3宗。死者有自身疾病，2月5日后，因出现症状，送院治疗，23日不治，死因为肺炎。厚生劳动省一度因未获取家属同意，未公开他是否感染新型冠状病毒，后于25日证实他有感染。
2月25日，1名住在东京都的86岁日本男性死亡，邮轮乘客死亡病例增至4宗。死者有糖尿病，因出现症状，2月9日送院治疗，翌日确认感染新型冠状病毒。25日不治，死因为肺炎。
2月28日，1名住在东京都的70余岁日本女性死亡，邮轮乘客死亡病例增至5宗。死者有高血压及糖尿病，2月6日确诊，翌日送院治疗。28日不治，死因为肺炎。
直至3月2日，船上共公布706人次感染新型冠状病毒，其中至少277人是日本人。有14名美国人在2月17日的美国撤侨包机起飞前确诊感染。船上乘客至今已有7人染病不治，其中5人是日本人。
3月5日，厚生劳动省公布再多8人于3月1日船上所有人下船后，在政府设施隔离时确诊感染，但由于此前统计人数有重复，乘客及船员（除已被撤侨人士等）接受检测的3618人中，算上这8人，实际感染人数为696人（不含回家或被撤侨后确诊人士），当中410人是无症状感染者。另有1名船员是在邮轮入横滨港后登船被感染，不计入这696人中。
日本政府面对冠状病毒病疫情采取了哪些措施？
日本观光厅透过国际观光振兴机构，以英语、简体中文及韩语向访日观光客提示新型冠状病毒相关咨询热线（于JR大分站）。1月20日，大分县大分市表示，出于对肺炎疫情的担忧，将延迟与武汉结为友好城市40周年的交流纪念活动。
1月21日，日本召开阁僚会议商讨新型冠状病毒肺炎对策。厚生省计划在所有机场及港口对旅客进行体温检测，并要求上海和武汉抵日旅客填写个人健康状况卡；国土交通省将要求航空公司和旅行社提供相关地区旅客的健康信息；观光厅将发出对于旅行团成员回日接受检查的呼吁；外务省将对日在海外人员定期发布全球疫情信息。
1月28日，日本政府将新型冠状病毒肺炎定为“指定感染症”，2月7日生效，生效后患者可被强制入院。1月31日，因应世界卫生组织宣告肺炎疫情是国际关注的公共卫生紧急事件，将生效日期提前至2月1日。
1月28日，厚生劳动省设置电话咨询热线。2月1日，要求各都道府县在2月上旬设置归国者、接触者相谈中心，接受民众咨询及引导患者就诊。2月7日，厚生劳动省的热线改为免费电话（0120－565653，全日9-21时）。
日本驻华大使馆官网刊载的内阁总理大臣（首相）安倍晋三新春贺词，因贺词中提及的邀请中国人在春节假期期间和东京奥运会期间“期待大量中国游客到访日本”，由于疫情持续出现质疑声音，其后外务省致歉称“不合时宜”，于1月30日将其删除。
2月5日，因应在横滨港停靠的钻石公主号邮轮，曾接载过1名确诊香港人，且船员、乘客3700人中初步检测有10名确诊，日本政府要求所有人在船上隔离14天。翌日，防卫省决定主动以救灾名义派遣自卫队（自主派遣），向船上人员提供生活及医疗支持。
2月12日，首相安倍晋三在官邸召开第7回新型冠状病毒感染症对策本部会议，表示经与民间机构合作，检测能力将在2月18日前由每日300个提升至1000个。相关对象亦有放宽，各地方自治体可自行判断，决定检测有一定症状者。
2月13日，厚生劳动大臣加藤胜信宣布翌日实施新政令，无症状感染者亦可如普通患者一样被强制入院，医疗费由公费负担。
除此之外，各地政府亦有向中国大陆捐赠口罩等医疗物资，包括名古屋市向因市长河村隆之否认南京大屠杀事件而交流中断8年的“友好城市”南京市捐赠10万个口罩。
2月15日，厚生劳动大臣加藤胜信在记者会上承认陆续出现感染路径不明确的确诊病例，认为状况已发生变化，有分析指此番说话等于事实上承认新型冠状病毒已开始在日本流行[18]。翌日，政府召开专家会议，国立感染症研究所所长胁田隆字称仍处于国内发生的早期阶段，未至流行，惟疫情可能会继续扩大。
2月17日，厚生劳动省扩大病毒检测对象，并对公众公布求诊参考标准，明确37.5度发热持续4日以上等情况下应考虑咨询及求诊。同日，宫内厅宣布取消天皇诞生日的一般参贺活动，上次取消是1996年，因日本驻秘鲁大使馆人质危机取消。
2月24日，政府专家会议发表意见，指无法完全防止传染，但可控制传播速度，往后1-2星期是抗疫关键期，决定疫情会否大爆发，需致力减慢速度及减少重症或死亡人数。
2月25日，政府公布对策基本方针，指国内多地出现散发的感染路径不明病例，一些地方掌握到有小规模集团感染，列出防止感染扩大及感染扩大后的应对措施。政府并宣布在厚生劳动省设置由学者组成的集团感染对策班，并向怀疑发生集团感染的北海道派遣专家协助应对，而确诊病例位于全国前列的北海道亦已成立跨部局的对策团队应对疫情。由于其他地方亦陆续出现多人感染情形，厚生劳动省此后向大阪府、高知县等地亦派出专家协助应对。
2月26日，因应北海道教育委员会向各市町村的教育委员会发出中小学校临时停课请求，北海道所有公立中小学校于27日或28日开始停课。在千叶县市川市，由于有3宗确诊病例曾去同一间体育俱乐部健身，而这一俱乐部的客户600多人中有不少教师，市川市决定所有60多间中小学校及幼稚园28日起临时停课2星期。
2月27日，首相安倍晋三宣布，因防疫需求，将请求全国所有中小学从3月2日起停课，直至春假结束。厚生劳动省指考虑到有家庭夫妻均要工作，措施对象不含保育所。
2月28日，北海道知事铃木直道发出为期3星期的紧急事态宣言，指疫情日益严峻，呼吁道民避免外出。翌日，首相安倍晋三在记者会上形容请求全国停课是一个“肝肠寸断”的决定，指政府会帮助疫情中受影响者，并研究疫情应对方法，又称仅以政府之力是无法取胜，呼吁全民协力共抗疫情。
3月1日，厚生劳动省决定，若一个地方疫情大规模爆发，令重症者难以入院治疗，则允许所在都道府县决定让轻症者在家疗养及优先让重症者进行病毒检测。同日，多间传媒引述政府消息人士指，受两国疫情影响，中国国家领导人习近平原定4月以“国宾”身份访问日本的安排预计将延期至秋季。
3月2日，政府专家会议分析指北海道感染扩大，可能是因为当地中国游客较多，由他们带入病毒后，再由道内受感染的轻症年轻人将病毒传播至道内各地；认为若2星期内尽可能减少社交接触，感染将不会继续扩大，否则可能会迅速蔓延至整个北海道，呼吁年轻人及道民避开人多或通风差的场所，防止感染扩大。专家会议成员、北海道大学教授西浦博推测截至2月25日，北海道可能已经有940人感染。
3月3日，政府表示全国口罩产量将在月内增至月产6亿个，并决定从年度预算的预备费中支出22.85亿日元，引用1973年第一次石油危机时制定的《国民生活安定紧急措施法》，命令口罩业者卖口罩给政府，采购约320万个口罩后再发放给北海道约8万户家庭，是同法制定以来首次发出此类命令。
3月4日，宣布6日起病毒检测加入公费保险范围，医生可自行判断患者是否接受病毒检测，无需获取保健所同意，患者亦无需支付任何检测费用，惟患者仍需事先电话联系归国者、接触者相谈中心以前往指定医院。
3月5日下午，内阁官房长官菅义伟在记者会上宣布中华人民共和国领导人习近平原定4月以“国宾”身份访日的安排延期。同日，政府决定除增产口罩外，还将用《国民生活安定紧急措施法》首次禁止网络转卖口罩。
3月6日，决定取消2020年皇居春季一般公开及原定3月11日举行的东日本大震灾牺牲者追悼式，首相安倍晋三并就后者向遇难者家属等相关人士致歉。东京都亦决定取消原定3月10日举行的东京大空袭牺牲者追悼式，是1991年每年举行以来首次中止。
为避免非必须旅行，日本政府提出了感染症危险信息和旅行警示，停止前往感染症危险区。
1月21日，外务省对中国大陆发出第1级感染症警告（最高4级），要求特别注意。1月23日，对中国湖北省武汉市发出第2级感染症警告，要求避免非必须旅行。翌日，考虑到武汉市周边开始不同程度“封城”及疫情有可能蔓延至其他地方，对整个湖北省发出第3级感染症警告，要求停止前往。
1月31日，外务省对整个中国大陆发出第2级感染症警告，要求避免非必须旅行，湖北省警告维持3级。
2月6日，外务省发出呼吁，请求所有在中国及准备去中国的日本人积极考虑保安措施，包括临时回国及推迟前往中国。2月12日再发出呼吁，指中国各地的情况可能急剧恶化，呼吁马上考虑临时回国及推迟前往中国。
2月14日，外务省将中国浙江省温州市的感染症警告提升至与湖北省相同的第3级，要求停止前往。外务大臣茂木敏充解释原因是浙江确诊病例超过1000，而温州已有490人感染，感染率亦达至0.53人/万人，且已开始限制出行。
2月21日，外务大臣茂木敏充表示，包括韩国、泰国、不丹、以色列、所罗门群岛、基里巴斯、汤加、密克罗尼西亚、萨摩亚均宣布限制或劝阻民众前往包括日本在内的新冠肺炎疫症蔓延国家。另外美国和台湾亦对前往日本的国民发出警告，建议旅客赴日时注意安全。翌日，美国国务院将对日本的旅行警示提升至第2级（最高4级），美国疾病管制与预防中心亦提升日本的警示级别至第2级（最高3级），提示需要特别注意。2月24日，香港卫生防护中心呼吁市民避免前往日本等疫情爆发地方。
2月25日，因应2019冠状病毒病韩国疫情持续扩大，外务省决定对大韩民国大邱广域市及庆尚北道清道郡发出第2级感染症警告，要求避免非必须旅行，是疫情以来首次对中国以外地方发出警告。翌日，对伊朗全国发出第2级感染症警告，是首次对东亚以外地方发出警告。
2月27日，外务省对意大利北部的伦巴第、威尼托及艾米利亚-罗马涅3个大区发出第1级感染症警告，要求特别注意[67]。2月28日，对韩国除大邱及清道郡外所有地方亦发出第1级感染症警告，并将对伊朗德黑兰省、库姆省及吉兰省的警告提升至第3级，要求停止前往，与中国湖北及浙江温州同级。
3月1日，外务省将对韩国大邱市及庆尚北道清道郡的警告提升至第3级，要求停止前往，韩国其他地方警告维持1级；并将对意大利伦巴第、威尼托及艾米利亚-罗马涅的警告提升至第2级，要求避免非必须旅行，与中国大陆及伊朗同级。翌日，宣布提升韩国庆尚北道下庆山市、永川市、漆谷郡、义城郡、星州郡、军威郡的警告等级至与清道郡相等的第3级，要求停止前往，并将庆尚北道其他地方的警告等级提升至第2级，要求避免非必须旅行。
3月4日，外务省将对韩国庆尚北道安东市的警告等级提升至第3级，要求停止前往[72]。翌日，将韩国全国的警告等级提升至第2级，要求避免非必须旅行，与中国大陆及伊朗等地同级；大邱等原先为第3级的地方则继续维持第3级。
日本政府同期加强了边境控制。
1月31日，宣布自2月1日起日本限制持有湖北省放发护照的中华人民共和国籍人士入境，同时14日以内有在湖北省滞留经历的旅客也将被拒绝入境，所有外国籍患者亦将被拒绝入境。
2月6日，对于密克罗尼西亚联邦、图瓦卢、瑙鲁、纽埃等国开始限制与日本的人员往来，内阁官房长官菅义伟表示会尊重对传染病脆弱的太平洋岛国的立场，但会向相关国家详尽说明日本充足的应对状况。同日，钻石公主号确诊病例增至20人，政府决定依《出入国管理法》原则上拒绝由香港出发、船上怀疑有肺炎患者的威士特丹号邮轮上所有外国人入境。2月7日，钻石公主号确诊病例增至61人，国土交通省要求威士特丹号不要进入日本。
2月12日，首相安倍晋三在政府对策本部表示，自13日起将针对中国湖北省的入境限制措施扩大至浙江省，除湖北外，持浙江发放护照及14日内去过浙江的人亦将被拒绝入境。内阁官房长官菅义伟表示这是因为浙江疫情扩大，且温州开始限制市民出行，考虑到当地医疗状况，做出此决定。政府亦决定除这2省以外，对于曾去过其他疫情扩大地方的外国人及怀疑有人感染的邮轮上的外国乘客，可不通知内阁即拒绝他们入境。
2月13日，厚生劳动大臣加藤胜信宣布翌日实施新政令，允许政府在入境前实施《检疫法》上的“隔离”及“停留”措施。其中隔离允许政府在口岸发现患者或怀疑患者时送入医院，停留允许政府在飞机或船舶上发现患者或怀疑患者时，将所有乘客送入医院直至有检测结果。截至同日，基里巴斯、萨摩亚、密克罗尼西亚及图瓦卢均已宣布限制日本人入境。
2月23日，以色列正式通知日本驻以色列大使馆，24日起禁止14日内到过日本的外国人入境。此前22日，以色列卫生部曾一度做出相同宣布，同日撤回。数日后，伊拉克、科威特、蒙古等地亦陆续宣布禁止来自日本的外国人入境。
2月26日，政府宣布，翌日起对14日内曾到过韩国大邱市和庆尚北道清道郡的外国人采取拒绝入境措施，是继中国湖北及浙江后第3个被采取这措施的地方，亦是疫情爆发以来首次对中国以外地区“封关”。
3月5日，政府对策本部决定自7日起，将大韩民国庆尚北道部分地方及伊朗库姆省等地加入“封关”名单。另外，自9日起，所有自中国大陆、香港、澳门、韩国入境人士（含日本人）将被请求在自家或酒店等检疫所指定地方度过2星期及勿使用国内的公共交通，政府并请求航空公司将来自这些地方的飞机降落地点限定为成田国际机场及关西国际机场，同时请求邮轮公司暂停邮轮运输；以上措施无法律强制力。但由于对这些地方的免签政策（如果有）及发出的签证亦在9日起停止生效，被认为是事实上禁止这些地方的人入境。针对此措施，中国外交部发言人赵立坚表示，在疫情局势下，各国为维护本国和外国公民的生命安全和身体健康，维护地区和全球公共卫生安全采取一些科学、专业和适度的措施，是可以理解的。他认为有关措施不应超出合理限度。韩国外交部长官康京和认为日本政府并未预先与韩国政府进行协商即采取加强限制韩国公民入境的措施，就此向日本驻韩大使富田浩司提出强烈抗议。
日本撤侨行动，体现了政府对侨民的援助。
1月23日，武汉封城，外务省查询有中国武汉航线的全日空，指可能会请求包机服务，全日空同意。24日，政府从日本贸易振兴机构武汉分部、日本驻华大使馆及传媒得知武汉医院状况及多人希望回国，开始具体讨论撤侨行动。25至26日，政府各部门开会商讨接受侨民相关事项。
1月26日，外务省与中华人民共和国政府协商，准备用包机自武汉撤侨，首相安倍晋三亦宣布会从武汉撤走希望离开的日本公民。当晚9时，外务大臣茂木敏充与中华人民共和国国务委员兼外交部部长王毅直接通话，提出派飞机运送口罩等支持物资及撤回日本侨民，王毅表示会协助，包机撤侨计划确定。经外交管道事务层面协商，时间带不断更改后，28日中午，中华人民共和国正式允许包机撤侨。政府最初希望白天撤侨，但中华人民共和国政府仅同意夜间进行，日本放送协会（NHK）访问的政府人士指这是因中华人民共和国政府不想让中国人看见外国人逃离武汉。在日本贸易振兴机构协调下，在武汉的日本企业找到了5辆巴士，经17小时车程、27日早上从北京的驻华大使馆赶到武汉的外交官及后获取武汉市政府通行许可，5辆巴士从30个集合地点接载第一批日本人前往武汉天河国际机场。
1月29日，首架载着日本国民从武汉撤离的飞机上午8时45分在东京羽田机场落地东京，机上有206名日本人，还有约4名医疗人员监控返日侨胞的健康状况。这架专机于28日晚间抵达武汉，并带着包括15,000个口罩、5万副手套及8,000副护目镜等紧急救援物资。首批撤侨共206人住在千叶县“胜浦饭店三日月”，但因房间数不足，许多人一度被迫同房，另有部分撤离者回家之后，1月30日第2班包机从武汉撤侨。
2月7日，日本第四班包机返国，预计接载约200人回国，前三次总计已接回565名日本侨民。当局下令将民间渡轮用作回国者隔离观察使用。据日媒报道，民间渡轮“白鸥号”有94间客房，其中24间有浴室和厕所。包括口罩、消毒液、饮料、床单等物资也在船上凖备。
2月14日，宣布16日晚派出第5班包机前往中国武汉撤侨，17日返回日本，相信是最后的撤侨包机。飞机在晚8时左右载住防护服及眼罩等支持中国大陆的医疗物资，从羽田机场出发，翌日凌晨载住65人返回，含36名日本人及29名中华人民共和国籍家属，早间降落羽田机场。
随着肺炎疫情在中国大陆蔓延，不少日本企业宣布在中国大陆的工厂延期开工，或是禁止员工前往武汉地区出差。而疫情波及至日本后，陆续有企业宣布允许员工家居办公，或劝谕员工通勤时避开繁忙时间，以减低传染风险。由于正值春假，各大学亦特别要求学生不要前往中国大陆。有大型活动开始呼吁中国大陆人或来自中国大陆者自愿退出，呼吁者除日本的主办方外，亦包括中国大陆的行业协会等，惟仍然有人无视呼吁坚持参加。陆续有握手会、运动会、毕业式、招聘会、Cosplay等活动中止或延期，政府并于2月26日请求大型活动主办方考虑中止或延期。一些博物馆、游乐园、图书馆等公众场馆亦陆续宣布关闭。
受疫情影响，有不少中国大陆游客到日本药妆店扫货，以致出现口罩缺货的情况。日本出现确诊病例后，国内口罩需求亦高涨，有民众在药房外大排长龙买不到口罩，成为“口罩难民”（マスク難民）。由于网上流传假消息，称厕纸从中国进口减少，或是原材料与口罩一样，会和口罩一样成为稀缺物品，日本亦在2月下旬步香港及新加坡等地后尘，出现大批民众抢购厕纸，令多地“一纸难求”。
随住中国肺炎疫情持续扩大及武汉封城，1月23日起，全日空停飞成田国际机场往返武汉天河国际机场的航线（NH937/938）。2月4日宣布10日起往返北京航线减至1条羽田发路线，6日又指成田至成都和关西至香港等7条航线也宣布停飞。2月13日再宣布20日起停飞航线，令每星期对中国航班数减至少于一半。2月25日，宣布3月3日起关西国际机场来往中国的航班全部取消。
2月4日，日本航空表示2月17日起会停飞来往成田往返北京的航线，并减少每星期98对往返中国的航班至43对。2月6日宣布，考虑到各国限制到过中国的人入境，若机组入境中国，很可能不能负责其他国家航线，同日起取消3班夜间停留中国的航班。2月18日再次扩大停飞对象，除中国大陆外，往返香港、台湾及韩国的部分航班亦宣告将在短期内停运。
由于疫情全球扩散，各地航空公司亦有减少对日本航线，包括国泰航空、新加坡航空、联合航空等。以色列航空则表示原定3月11日开通的本古里昂机场至成田航线延期开通；以色列此前已宣布对日本“封关”。因应日本疫情扩大，全日空及日航3月开始宣布取消部分国内线。
受疫情影响，包括往返中国在内的航空需要减少，亦出现较多取消机票情况。2月28日，全日空及日航宣布，即日起直至3月19日出发的国内线机票可无手续费变更或退票；3月2日，进一步宣布日本出发或到达的所有国际线机票亦比照办理，其中往返中国的机票免费退改日期延至4月下旬。
截至3月初，关西国际机场已有超过半数国际线取消，往返中国航线的取消数达85%，中部国际机场原先36条中国航线仅剩3条仍在运营。随着大韩航空宣布3月8日起停飞新潟至首尔航线，新潟机场所有国际线（哈尔滨、上海、香港、首尔）全部停航。
疫情亦对观光业造成不少影响及打击，有旅馆因观光客减少宣布破产。在奈良县，由于有确诊患者（巴士司机，#6）曾接载来自中国武汉的旅客在奈良市奈良公园逗留1个小时，2月上旬开始来公园观光的人大减，公园的鹿看到有人拿鹿仙贝喂就会一拥而上争抢。日本神户夜光邮轮公司（Luminous Cruising Co.）亦宣布破产。
因应疫情扩大，日本不断有体育活动中止、延期或改为无观众比赛。3月8日起在大阪进行的大相扑令和2年3月场所决定闭门举行，2月29日至3月15日的职业棒球全72场开幕战亦决定闭门作赛。足球J联赛决定将3月15日之前的所有的94场比赛延期，橄榄球Top League、篮球B联赛分别有16场比赛及99场比赛延期。东京马拉松组织者宣布东京马拉松参赛人数将由3.8万人缩减至200余人，神奈川县三浦市放弃举行原定1万人参加的3月1日“三浦国际市民马拉松”，名古屋国际女子马拉松取消2020年大众组的比赛，只保留150人精英组赛事。2月29日在群马县高崎市进行的排球V联赛男子决赛、3月6-7日在兵库县三木市进行的网球台维斯杯日本对厄瓜多尔改为闭门举行。2月28日至3月31日的全国各地职业拳赛中止或延期，中央竞马及全国竞艇比赛亦改为无观众比赛，原定3月上旬在横滨市举行的日本最大级别的游艇展“日本国际游艇展”宣布取消。
为减少人群聚集带来的传染风险，各体育活动相关方亦有采取一些特别措施，如停止现场售票或要求排队间隔加大，要求选手不要使用公共交通，停止唱应援歌，呼吁参加者戴口罩及注意卫生，停办比赛商店等等。
受新冠肺炎疫情导致的外包人手不足影响，多部日本动画因制作上出现问题宣布修改内容或延期播出，包含《某科学的超电磁炮T》（放送延期，改为重播）、《恋爱小行星》（加入总集篇）、《A3！》（放送延期）等。
2月27日，原定3月下旬在东京国际展示场举行的AnimeJapan 2020宣布取消。2月28日，东京迪士尼乐园宣布从2月29日至3月15日闭园。
日本虽然已受到新冠肺炎疫情影响，但仍积极援助中国。
1月26日，日本民间捐助一批防疫口罩，经四川航空运抵成都后送至武汉。有台湾媒体认为非日本捐赠，而是向日本购买，但据日本媒体报道及日本国驻重庆总领事馆声明应为捐赠。
2月3日，日本医药NPO法人仁心会、日本湖北总会、Huobi Global、株式会社Incuba Alpha四家机构捐予湖北物资，写上“岂曰无衣？与子同裳。”（出自《诗经·秦风·无衣》） 及“山川异域，风月同天”。感动了中国。
2月10日，自民党干事长二阶俊博在干部会议后的记者会上表示，针对在中国大陆发生的新型肺炎感染扩大，自民党将从党内的国会议员3月的经费中统一先行扣除5000日元向中国大陆提供支持资金。
究竟如何看待肺炎疫情下的中日关系？有媒体说是蜜月中走钢索。
杨洁篪曾炫风访日，为习近平可能于4月出访铺路。然而近来日本对中国释出善意，在日本国内激起正反两极的评价。安倍内阁的支持度，也在一个月内持续下滑。在如何处理对华关系问题上，安倍内阁无异于正在走钢索。
有关杨洁篪的访问，日方大致上在1月上旬就已经定调，然而就在之后的1月下旬，由中国武汉爆发的新型冠状肺炎疫情（武汉肺炎），让全中国陷入对抗疫情的态势。然而就算如此，中方依旧在2月中定调杨洁篪来日本访问、商谈习近平访日一事。其中，日本在这次的肺炎疫情，也对中国释出相当多的善意。不只持续捐了许多物资给中国，也没有像美国、英国或其他国家等直接采取全面断航，而是仅暂停湖北跟浙江的班机。这些举措都在中国媒体上被大大赞扬，中国外交部发言人华春莹甚至在记者会上，当面感谢“日本政府与人民的暖心举措”。
然而，日本这样的行为，虽然被中国认为是雪中送炭，但在日本国内来说，却激起了正反两极评价。多数反对者认为，日本的口罩与卫生用品等物资，在近一个月被中国的采买客给搜刮殆尽、导致日本现在一口罩都难求。许多民众更认为，安倍为了要与习近平会面，不惜要先牺牲民众的利益，去换取中国政府的信赖。约有70多位的民众，在28日聚集在首相官邸前大声抗议，除了要求暂停习近平访日磋商外，更要安倍赶快回归专注日本内政。
不过，现在反而是中国也开始管制起日本与韩国的游客，如北京也规定从日韩回来的旅客，需要居家隔离14天。杨洁篪更称中国疫情控制“已经出现阶段性成效、整体情势在好转中”，并对日本国民对新型冠状病毒的对抗表示“积极支持与支援”，恐怕让许多日本国民是哭笑不得。
冠状病毒病（COVID-19）首先在中国武汉出现，以惊人的速度迅速扩散至世界多地，其中中国游客最爱去的“日本”成为东北亚疫情最严重的国家，撇除停靠在横滨的钻石公主号355个确诊病例（截至16日12时）外，日本厚生劳动省劳动大臣加藤胜信坦言，“疫情已经在日本开始流行，甚至未找出国内主要传染途径是什么”，官方如此面对疫情的态度，让不少专家相当担忧。
随着东京奥运即将开始前哨战“圣火传递”，一直以来仰赖观光收入的日本在疫情爆发初期，各国开始管制陆客、入境限制时，或许担忧少了中国游客会重创日本观光经济，至今尚未提出任何入境限制，仅轻描淡写表示“希望日本民众与入境客都能做好防疫”；然而在境内确诊案例中，有10多人曾跟中国游客接触过、扣掉撤侨确诊，剩下的“确诊人”既没有旅游史、也没有接触过中国人，几乎就是日本本土人传人的患者，而这样的状况厚生劳动省却完全没有警戒。
更令外界担忧的是，厚生劳动省的资料中，显示这些本土确诊病患，有部分在1月底、2月初就已经出现症状，有就医者被医院按照普通流感或是肺炎处理，直到14日同日爆发本土6例确诊，才惊觉严重性进行筛检隔离。若仔细推估，新冠病毒在日本几乎已经到第三代传播，除了第一代“有旅游史、撤侨者”的人，第二代“为接触过可能确诊者”，第三代传染者则为本土人传人，以及家庭、社区传染。
然而日本本土虽然出现多例确诊，却无法带给日本人病识感，隐形潜在的病患恐怕已经在人口密度极高的东京扩散；日本人心中对于新冠肺炎的看法，仍是“那只是一般流感”、“那是中国的疾病，对我们并没有太大的影响”、“没有这么严重”、“口罩那些的不需要戴吧！”。日本人口约有1.3亿人口左右，多例确诊且集中在东京，对于其他城市的人而言，确实不痛不痒。
但是，当日本人对于病情不重视的情况下，甚至“请病假”、“就医”是一种困扰跟负担时，恐怕将可能重演过去武汉的的状况，当时也只是从武汉华南海鲜批发市场窜出的“不知名肺炎”，如今成了令人闻之色变的“新冠肺炎”。
一些日本防疫专家则认为：日本疫情失控，成为中国以外全球确诊患者最多的国家。政府对策缓慢、防控不力，新冠病毒的蔓延态势为日本社会敲响警钟，存在着隐性爆发的危险。
在中国表示新冠病毒疫情逐渐得到遏制的态势中，擅长医疗防疫的日本却因对策缓慢、防控不力而成为新冠病毒蔓延的温床，也是除中国外全球确诊新冠病毒患者最多的国家，情何以堪？截止到2月19日，日本境内已确诊705例，并首次出现死亡病例，死者是神奈川县一名八十多岁的老妇。确诊患者除东京、大阪、名古屋等大都市外，还有最南端的冲绳到最北面的北海道。作为新冠病毒疫情重灾区的“钻石公主号”邮轮，至今确认感染的乘客与船员高达621人。迫于邮轮交叉感染事态危险度剧增和舆论压力，日本政府采取行动，2月19日开始允许约500名经检测目前无症状的乘客分批下船，但日本社会已发生多例无症状者被确诊感染，以及“钻石公主号”最新确诊88人中有65人属于无症状者，“红色信号”令社会深深忧虑东瀛之岛会变成新的“钻石公主号”邮轮。
日本首相安倍晋三公布紧急对策，表示将投入135亿日圆（约合1亿2000万美元）的政府备用金，竭尽全力防止疫情扩大及感染者重症化。为防止事态恶化，将加紧完善检测以尽早发现感染者、扩充可用于治疗的医疗机构等。新冠病毒疫情在日本国内蔓延流行尚属早期，日本被迫进入更为严峻的抗疫新阶段。
日本的医疗防疫与公共卫生意识走在世界前列，却罕见地在全球抗击新冠病毒疫情中成为失态失时失控的“落伍者”，教训何在？本次疫情发生后，日本政府反应迟缓、决策犹疑、对策失误，造成了当断不断反受其乱。在日本国内感染患者有出租车司机、导游、大巴司机等，也有医生、护士、检疫及厚生劳动省官员、搬运感染者下船的急救队员等。令人忧虑的是，在日本国内不断新增的确诊病例中，既有人传人的二次或三次感染，更有越来越多的感染途径不明者。在和歌山、爱知、千叶、北海道、神奈川县，至少五个区域发生了无法追查源头的境内感染，日本存在着隐性爆发的危险。
最后再统整一次日本全国各地的确诊人数情况。
日本截至2020年3月6日晚间20时30分为止，日本国内包括观光客的确诊病例为388名（包括6名死亡），加上钻石公主号检的696例（包括6名死亡），14例撤侨专机上的确诊乘客，共计已有1,098人确诊，治疗后出院的乘船者与国内感染者共计248人。
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