消化系统（英语：digestive system）是多细胞生物用以进食、消化食物、获取能量和营养、排遗剩余废物的一组器官，其主要功能为摄食、消化、吸收、同化和排遗。其中有关排遗的部分，也可归类到排遗系统的一部分。
消化系统的构造差异可以大略分为囊状消化系统与管状消化系统。囊状消化系统具有囊状的消化腔，通常如水螅、水母、海葵等水生动物，它们大都使用消化腔开口的触手补食猎物，而消化完之残渣亦由同一开口排出。管状消化系统则具备消化道，有口腔及肛门两个口呈现一管状构造。脊椎动物为此类。
所有的哺乳动物都有一个由口腔经食道、胃、肠等的消化系统，可将食物分解为身体可利用的简单物质。食物进入嘴巴之后，就会开始进行消化过程。食物从胃被送入小肠后，各种各样的酶就开始消化碳水化合物也就是糖类、蛋白质和脂肪。消化的食物养分透过肠壁被吸收，未被消化的物质则直接被排出体外。消化过程是动物从食物中获取能量的第一步。
某些动物只能在含有适当营养素的环境中生存，像蚯蚓就是食用沉积物的动物，他们在土中打洞并顺便吃掉前面土壤。它们的消化系统会分解掉土壤中的有机物，并将废物排出。
很多昆虫完全靠吸食液体生存，通常会生有特殊的管状口器以便于进食，它们的口器通常有尖锐的尖端，像是蝴蝶就有长长的虹吸式口器，用以刺入植物的茎或动物的皮肤，如吸血的蚊子、吸取植物汁液的蚜虫和蝉。
动物必须借由摄食食物透过消化过程吸取需要的养分，提供给动物的生理与生长发育过程提供能量。
哺乳动物吞下食物到胃里后，胃里的一种强酸性物质会将食物部分分解，然后小肠和大肠吸收所有已消化的食物和水分。胰腺制造中和胃酸的物质。但是植物性食物会在盲肠中消化。
草食性动物的消化系统较为特别，尤其是反刍动物通常消化系统会分为好几部分，有助于其消化草、树叶等不易消化的植物，所以食物咽下后会先进瘤胃的消化室内，让其中的微生物帮助分解。植物慢慢分解后，再将食物吐出到口中细细咀嚼，这就叫反刍。反刍后的食物再依次通过其他各胃室，如网胃、瓣胃和皱胃。
草食性动物只能吃植物，肉食动物只能吃肉类，而杂食性动物可以吃多样的食物。
某些动物的消化是在体外进行的，其中蜘蛛是典型的进行体外消化的动物。它们抓到一只昆虫之后，会向昆虫注入一种含酶的液体，等酶分解了昆虫身体，蜘蛛再去吸取昆虫的体内营养汁液，这就是体外消化。
动物的消化系统由构造的差异可粗分为胞内消化和囊状消化系统还有管状消化系统。
胞内消化在细胞内进行，且用伪足或细胞膜凹陷形成食泡，在与溶小体结合，利用水解酶进行分解，如海绵等单细胞生物。
囊状消化系统具有囊状的消化腔，通常如水螅、水母、海葵等水生生物，它们大都使用消化腔开口的触手捕食猎物，而消化完之残渣亦由同一开口排出。
管状消化系统则拥有消化道，有口腔及肛门两个口呈现一管状构造。通常如蚯蚓、螳螂、鸟类和哺乳类皆为此类。
人类的消化系统与动物的消化系统有什么不同？
人体的消化系统主要由消化道和消化腺组成。一个正常男性成人的消化道大约长6.5米，由上消化道和下消化道组成。消化道是一条连接口腔和肛门的管道，由许多负责处理食物的构造组成。消化腺能分泌消化液以消化食物。
人类的上消化道由口，咽，食道和胃组成。口包含口腔黏膜，唾液腺，舌头和牙齿。在口后面是咽，咽连接着一条由肌肉组成的中空管道，即食道。食道通过肌肉的收缩和放松，把食物向下推，穿过横膈膜到达胃。
下消化道包括肠和肛门。肠是消化系统中，由胃至肛门之间的消化管道，为大部分化学消化过程的所在地，将食物的营养吸收。
小肠有环状皱壁及绒毛，与微绒毛。可以增加肠道的表面积。绒毛内包含乳糜管及微血管，乳糜管吸收脂溶性养分，如：甘油、脂肪酸、维生素ADEK等。微血管吸收水溶性养分，如：单糖、氨基酸、维生素BC等。空肠可吸收像糖、氨基酸及脂肪酸等的养分。回肠有肠绒毛可以吸收维生素B12及胆汁酸，也可以吸收其他养分。 大肠有盲肠，连接着阑尾。 结肠，包括升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠，结肠的作用是吸收水分，但其中也有一些可以生成维生素K的细菌。直肠，是人的消化系统的一部分，它是肠的最后一部分，位于肛门的前面，其作用是积累粪便。当直肠中的粪便积累到一定程度后就会向大脑通知这个状态，以便排便。最后由肛门排出粪便。
人类消化腺又分为小消化腺和大消化腺两种。
小消化腺是散在于消化管各部的管壁内的小腺体。这类腺体数量甚多，如胃腺、肠腺等： 大消化腺位于消化道外，它们主要通过导管将分泌物排入消化道内。大消化腺主要有：三对唾液腺（腮腺、下颌下腺、舌下腺）、肝脏和胰脏
食物通过消化道需要的时间会随许多因素而不同，吃饭后约需要一个小时的时间，胃部才会有一半排空，要二个小时胃部才会全部排空，让食物进入小肠。小肠一半排空也需要一至二个小时，食物到达结肠约需12至50小时，会随个别情形有很大的差异。
哺乳动物的消化系统包括消化管和消化腺。在结构和功能上表现出的主要特点是，消化管分化程度高，出现了口腔消化，消化能力得到显著提高。与之相关联的是消化腺十分发达。
哺乳动物的消化腺除3对唾液腺外，在横隔后面，小肠附近还有肝脏和胰脏，分别分泌胆汁和胰液，注入十二指肠。肝脏除分泌胆汁外，还有贮存糖原、调节血糖，使多余的氨基酸脱氧形成尿及其他化合物，将某些有毒物质转变为无毒物质，合成血浆蛋白质等功能。
消化管包括口腔、咽、食道、胃、小肠、大肠、肛门等。
口腔
哺乳动物的口腔咀嚼和口腔消化方式，引起了口腔结构的较大改变。出现了肉质的唇，为吸乳、摄食、辅助咀嚼的重要器官，并为发音吐字器官的组成部分。
草食类哺乳动物的唇特别发达，有的上唇有唇裂，如兔。为适应口腔咀嚼活动，哺乳类口裂缩小，并在两侧牙齿的外侧出现了颊部，一些种类的颊部还发展了呈袋状结构的颊囊，用以贮藏食物，如猴。口腔顶壁由骨质的硬腭及软腭所构成，从而把鼻腔开口（内鼻孔）与口腔分隔开，鼻的通路即沿硬腭。软腭后行，直至正对喉的部位，后鼻孔开口于咽腔。腭部常有角质上皮的棱，可防止食物滑脱。
草食及肉食种类有发达的角质棱。口腔内有十分发达的肌肉舌，有助于摄食、搅拌及吞咽，并为人类发音的辅助器官。舌表面分布有味蕾，为味觉器官。上、下颌骨上着生有异型齿，齿由齿槽长出，中有髓腔，充有结缔组织、血管和神经。因齿的形状和功用不同，可分为门齿一一切割食物，犬齿撕裂食物，臼齿咬、切、压、研磨食物等多种功能。不同食性的哺乳动物，其牙齿的形状、数目均有很大变化。但同一种类的齿型及齿数是稳定的。故齿型及齿数为哺乳类分类的重要依据，通常用齿式来表示。此外，一些哺乳动物以口腔唾液腺的蒸发失水，作为体温调节的一种形式。兔与鹿有4对唾液腺。
咽
哺乳动物的咽构造完善，前接口腔，后通喉与食道。
由于次生腭的形成，内鼻孔也开口达咽部，故咽部是消化管与呼吸道的交叉处。在咽部两侧还有耳咽管（欧氏管）的开口，可调节中耳腔内的气压而保护鼓膜。咽部周围有淋巴腺体（扁桃体）分布。喉门外有一会厣软骨，其启闭以解决咽、喉交叉部位呼吸与吞咽的矛盾。
食道
紧接咽之后，为一细长的管，下端接胃。食道为食物通过之通道，无消化作用。
胃
是哺乳动物消化道的重要部分，其形态常因食性的不同而变化，多数哺乳类为单胃；草食性哺乳动物为复胃，又称反刍胃，一般由4室组成，即瘤胃、蜂巢胃（网胃）、瓣胃和腺胃（皱胃）。仅腺胃为胃本体，具有腺上皮，能分泌胃液，其他3个胃室均为食道的变形。具有复胃的草食性动物，在食物消化过程中要进行多次反刍，直至食物充分分解为止。
小肠
哺乳动物的小肠是消化道中最长的部分，包括十二指肠、空肠及回肠。小肠分化程度高，其粘膜富有绒毛、血管、淋巴和乳糜管，加强了对营养物质的吸收作用。
大肠
较小肠短，粘膜上无绒毛，其粘液腺能分泌碱性粘液保护和润滑肠壁，以利粪便排出。在大肠开始部的一盲支为盲肠，其末端有一蚓突。盲肠在单室胃的食草动物特别发达，除海象、犰狳、大食蚁兽、蹄兔等有1对盲肠外，其他哺乳动物都只有1个盲肠。哺乳动物的大肠可分为结肠与直肠，直肠直接以肛门开口于体外（泄殖腔消失），是哺乳类与两栖类、爬行类、鸟类的显著区别。
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