战地漏网人员中包括日本暴民和国民党党部人员，遭八路军全城整整两周的地毯式大搜捕。暴动策划者和主谋者无一漏网，几千参与者不是战死就是被俘。
1800名日本人或战死或被猎杀，3000多日本男性被集中关押，许多人因为冻伤手脚被截肢。
策划首领孙耕尧在暴乱前因机密泄漏被八路军事先逮捕，审讯后即被判死刑，由中共分省委书记吴溉之下令立即执行。
另一策划首领藤田实彦则是在全城大搜捕中的第七天，被公安干警从日本商社的一栋社宅阁楼中发现，同时还有30多名日本人被捕。
共产党在枪决所有日本主谋者的时候，唯独留下了藤田实彦的活口。
藤田实彦被五花大绑下，公开展览。藤田实彦向所有参观者和游人反反复复地承认自己的罪行。
每见到日本人来参观，藤田实彦都会鞠躬谢罪：“真对不起了，真对不起了。”
最后藤田实彦羞愤成疾，于1946年3月14日病死在通化民众医院，这天恰巧是他的生日。
藤田实彦对日本人说对不起是由衷的。正是因为他在通化日本人中的威望和地位，以及他对形势的错估，坚持联合国民党帮助国民党夺取通化政权，最终导致暴乱失败后，使在通化的所有日本男人都遭了殃。
末代皇帝的皇弟傅杰之妻蹉峨浩，当时被关押在通化。蹉峨浩是暴乱中的日本人营救的目标之一。
日本人在营救蹉峨浩的局部战斗中，赢得了暂时的胜利，将蹉峨浩成功解救了出来。
然而在全局中，日本人仍然惨败，面对蜂拥而来的中国增援部队，日本人不得已将蹉峨浩送回关押处。
八路军中的朝鲜人部队对日本人无比憎恨，是我方所有部门中唯一一个没有被敌人策反的，也是对日本人大开杀戒最彻底的。
然而挑动暴乱的国民党人是最懦弱的，几乎没有国民党人参与战争行为，都在家里等现成的：如果日本人胜利他们就出来摘桃子；如果日本人失败他们也没有责任。
但是共产党人并没有放过他们，根据审讯日本战犯和国民党特务的笔录，共产党人逮捕了几百名在家等捷报的国民党人，最后枪毙了百来个通敌纵敌者。
暴动后经调查，林保毅的航空队里有两名军官参与了暴动计划的制定，这两名军官被逮捕审问，航空队的其他人员包括林保毅在内，也遭到了严厉的审查。
“这次暴动事前你知道吗？你参与制定计划了吗？”审问是严厉的。
林保毅显得很镇静。他答道：“暴动的时间我不知道，但事前我听说过，可我并不相信；但我也向总队领导汇报过这件事。”
“你的部下有没有人参加？”
“这个，我不知道。”林保毅摇了摇头，又说：“他们中间有人向我报告了这件事，我对他们说，任何人不得卷进事件中去，要采取相应措施……”
“有人参与了这件事，你不知道？”
“不知道。”林保毅很干脆地回答，“谁要参加了，是他个人的事，应当受到军法的制裁。我希望你们仔细地调查……”
“我们会调查清楚的。”保卫人员的口气很严厉，“你是带了手枪的，对不起，请你把手枪交出来！”
林保毅感到受了很大的委屈，这比上次作为战败者交枪更叫他难受，他连忙说明道：“我这支手枪，是民主联军首长伍修权同志送给我的。”
“我们不管是谁送你的，你现在必须交出来。”保卫人员的口气仍然是严厉的。
林保毅成了“暴动主谋”。理所当然地要将其隔离，同时要求其交出随身携带的手枪。这对林保毅来说，比当时缴械还要艰难，这是他的荣耀。
那是林保毅第一次到沈阳“东总”时伍修权赠送的纪念品。
后来伍修权在回忆赠枪这段往事时说：“在请林弥一郎他们帮助我们建立航校的过程中，林弥一郎不时地盯着我腰间佩带的一支精制的小手枪。谈话行将结束时，林弥一郎突然提出伍将军。您是否能把您带的这支手枪送我作个纪念！这支勃朗宁手枪多年来一直带在我身上，是它伴随我走过了举世闻名、艰苦卓绝的二万五千里长征，经历了无数血与火的洗礼和考验，是我的心爱之物，也是一件很有意义的革命纪念品。在一般人看来，将这支手枪送给刚刚放下武器不久的敌人，似乎不太可能。当时，我考虑到，林弥一郎之所以在这时提出索要这支手枪，一定是经过深思熟虑之后提出的要求，其意在于试探我们共产党人对他们的信任程度和诚意如何，如果我马上加以拒绝，势必引起对方的顾虑和误解。用人不疑，疑人不用，既然我们要利用他们办航校，就要充分信任他们，把手枪送给他们，既可以体现我们共产党人的胸怀和气魄，又可以使他们感到是对他们的信任。因为当时手枪里装有六七发子弹，我也曾考虑过他会不会用来捣乱，但又一想，作为败军之将和一个有头脑的军事指挥官，他是不会作出如此荒唐的事来的。我毅然从腰间拔出手枪，递到了林弥一郎的手中。我的这一举动很出乎林弥一郎和其他日军军官的预料，他们又惊又喜，十分感动。”
眼下没有办法了，林保毅不无痛惜地从腰间抽出了这支他珍爱的手枪，递给了对方。
林保毅被隔离审查了。
后来他才知道，他的航空队里的两个军官参与了这次暴动计划的制定，并且决定带两个排去协助暴动，只是由于士兵们不愿盲从，才未能得逞。
软禁中的林保毅，心静是平静的。他没有参与暴动的一切活动，他相信经过审查是会水落石出的，借这隔离的机会，倒可以集中精力来拟定教学指导要领。林保毅是个有丰富经验的飞行教员，他认为一个航校在教学上头等重要的是教学内容的统一。
当林保毅默默地完成了教学指导要领的时候，上级也解除了对他的隔离。
林保毅又立即忙于航校的紧急搬家。
然而他却不会想到，在这三个星期的时间里，他的生命经历了一场生与死的“判决”。
事也凑巧，他领导下的那两个军官因参与暴动而被捕，审问时他俩拒不开口。后来审讯人员变换了方法，问他们：“你们的负责人是谁？”他俩误以为是问航空队的负责人，便随口答道：“是林弥一郎！”于是审讯人员向上级报告时，便变成了“暴动负责人是林保毅”。
根据两个日本军官的“口供”，
林保毅成了“暴动主谋”。当时情况复杂而混乱，有关领导认为林保毅是伪装钻进军队内部的敌人，为了镇压暴动，下令尽快把他处决。
然而，航空总队的领导在是否执行“处决” 林保毅的命令时，产生了分歧。有的领导认为林保毅是伪装的阴谋分子，应该立即处决。中国共产党中央也曾经三次下令要求中共东北局处决林保毅。
但是当时中共“日军反战联盟”的主任前田光繁坚定反对，前田光繁就是杉本一夫。
杉本一夫曾在１９３８年在河北被八路军俘虏，成为八路军的第一名日军俘虏。杉本一夫后来一直担任中共“日军反战联盟”的负责人。
航空总队政委黄乃一等领导，也不相信林保毅会是“暴动的主谋”。他以自己对林保毅的认识和感觉，举出许多实例来说明暴动与林保毅无关，黄乃一坚持要尊重事实，因为误杀好人是违背毛泽东同志教导的。
面对上级几次表示要处决林保毅，都被航空总队的领导拒绝了。于是在政委黄乃一出面做保下，林保毅才免于一死，但是东北航空总队的人事权转移到了杉本一夫的手中。
有关此事，林弥一郎一直被蒙在鼓里。直到35年后的1981年8月，林弥一郎访问中国时，才从黄乃一的口中听到的事情的真相。两年后的1938年5
月，林弥一郎将因处理中国民航局业务工作到日本去的中国民航局的政委黄乃一，请到大阪藤井寺市的家中，阖家向黄乃一致谢，感谢他的救命之恩。
航校从筹建到完成使命的三年多时间里，航校人历经了千辛万苦，创造了许多人间奇迹。这支航空队中的日本留用人员，经改造和教育，后来绝大多数成为东北老航校的重要技术力量。林弥一郎再次被任命为主任教官，他为创建中国空军作出了不朽的贡献。
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