从通化迁移牡丹江，第一列车行车就十分困难，沿途各站均为苏联红军控制，几乎站站都有要费力交涉。
国民党在四平进攻中获得大胜，长春已经被攻克。这时苏俄冷脸变成春风，向国民政府频示友好，对中共这个被斯大林戏称为“人造黄油共产党”则视若敝屣。
在这种情况下，还有一个特别的困难是不容易弄到机车和司机。
长长一列车，越过老爷岭山坡时，只有一个火车头，开足马力仍拉不动，于是全车所有的人都得下来，在列车两边推车，整个列车就象挣扎似的，慢慢地向前移动，最后，好不容易才过了这个高坡。
大家上得车来，衣服弄脏了，汗湿了，人也累了，但毕竟胜利了。有人高兴地说：“咳嗽人推火车，牛拉飞机，我们算是亲身经历了，等我们有儿子的时候，和他们吹起来，恐怕他们还很难想象哩。”
后来又组织了两趟列车转移，那时困难更多，途径梅河口，那是一个铁路交叉点，均遭到国民党空军的轰炸和扫射。
但不管敌人如何疯狂阻挠和破坏，都有无法改变航校人迁移的决心。
航校转移到牡丹江后，黄乃一到总部汇报请示工作。
在这期间，总部确定王弼调返航校，任航校政委。同时拨给航校电台及所需机要、报务人员。
黄乃一闻知这一消息，非常高兴。他在回校途中与王弼带着电台人员及机器，一起绕道去了佳木斯察看机场。
王弼和黄乃一在佳木斯拜会了时任佳木斯市市委书记张闻天，并提出，如果形势发展需要时，航校很有可能迁往佳木斯。
张闻天对我党支部有了第一座航校，十分高兴。他表示，航校如搬来佳木斯，将给予大力支持。
从佳木斯返回牡丹江途中，当王弼、黄乃一乘坐的火车抵林口时，前面铁路已被土匪切断，不能再继续前进了。
黄乃一就用所带电台，向牡丹军区发报，请他们通知航校派飞机到林口来接行。
在等待飞机的时候，王弼一行察看了当地一家最大的火锯厂，也就是木料加工厂。
这个厂原先同日本人掌握，现在与其它厂一样，都有停工了。
王弼说，我们修理牡丹江校舍时，缺乏木材，以后这个厂不仅可以为修建牡丹江航校提供木材，还可为将来迁往东安修房提供木材。
黄乃一于是就决定派航校管理科科长蒋金庭到林口组织这家火锯厂恢复生产。
没过多久，蔡云翔、何健生驾驶一架运输机飞到了林口，将王弼、黄乃一一行人员及电台等接回到航校了。
王弼就任东北老航校政委后，就面对有关飞机转场牡丹江的事。
航校刚刚成立仅3天，便又被迫向牡丹江搬迁了。
可是，能驾驶飞机飞行的人员太少。
当时距离通化暴动刚过两个半月，留用的日本人刚刚恢复自由，他们惊魂未定，是不是怀有二心？
地面没有雷达和导航，通讯设备，让他们驾驶飞机空中转场，太危险了。
在航校校长常乾坤和政委王弼的建议下，经过航校领导的慎重研究，认为这些日本友人既是经过了严格审查决定留用，那就应该信任他们，不能怀疑和歧视。
但是，当发生了通化事件后，林保毅一度被怀疑是暴动主谋之一。
黄乃一等航校主要领导，不相信林保毅会是“暴动的主谋”。他以自己对林保毅的认识和感觉，举出许多实例来说明暴动与林保毅无关，黄乃一坚持要尊重事实，因为误杀好人是违背毛泽东同志教导的。上级几次表示要处决林保毅，都被他拒绝了。当时在黄乃一出面做保下，林保毅才免于一死。
航校领导最终作出决定：让日本飞行人员参加空中转场。
对于中共在通化创办航校一事，国军十分害怕，他们经常出动飞机对航校进行扫射和轰炸。
有一天，林保毅和一名学员在转场时刚刚降落，4架国民政府战机就从远处迅速飞来，一阵扫射过后，林保毅座机的尾部中弹起火。
此时，林保毅突然想到还有一架航校学员驾驶的飞机没有落地。他拿出信号枪，拼命对着天空打信号弹，同时还摇动小红旗，但空中的飞行员没有看到，继续下滑。
这时，4架国民政府战机轮番攻击，航校学员驾驶的飞机随时有被击落的危险。
就在这紧急关头，林保毅看到50米外停着一辆用于启动发动机的特种汽车。他以百米冲刺的速度冲向汽车，跳进驾驶室，将车开进了跑道，并加大油门飞驰起来，汽车排气管随之冒出股股黑烟。
国民政府飞行员以为是飞机降落，都追着向他开炮。
航校飞行员在空中发现敌情后，用超低空钻山沟的战术悄悄溜走，飞到了预备机场安全降落。
林保毅的英勇行为被传为中国空军史上的一段佳话。
林保毅也用自己的行动在证明自己的清白。
历史是最好的见证：
结果，在将近一个月的空中转场中，所有的日本飞行员都认真负责地把飞机安全地飞到指定的地点——牡丹江航校的海浪机场上。他们中间还有几个人为搬迁献出了生命。大冢机组的4个人驾驶飞机飞向牡丹江时，中途撞山遇难就是突出的例子。
林保毅当时归降的这支日本航空队，共有飞行员近20人，机械师20多人，机械员70多人，通信、气象等其它各类地面保障人员近200人。他们在创办东北民主联军航空学校过程中，发挥了重要作用。
