1192年，武家首领源赖朝被封为征夷大将军，建立镰仓幕府，并展开幕府统治，开始日本600多年的幕府时代。源赖朝过世后，其妻子的娘家北条氏实力扩大，开始操纵之后的继位者，幕府大权旁落北条氏之手。
承久之乱后，北条氏的合议制执权政治达于全盛。1232年（贞永元年），北条泰时制订法典《御成败式目》（又称《贞永式目》）。该法典最初仅适用于武家内部，后来适用于全国。
1274年（文永十一年）与1281年（弘安四年），蒙元两次侵日都未能成功，而战后受货币经济影响，无法恩赏抗元兵，导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁，加深御家人和非御家人武士的反感，地方武士和农民积极进行反幕活动，幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变，倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，镰仓幕府灭亡。
后醍醐天皇掌握大权以后，并没有满足武士阶层的期望。大军阀足利尊氏成为所有武士的代表，于1336年攻陷京都，扶持两统迭立中的持明院统光明天皇即位。大觉寺统的后醍醐天皇把持着日本皇室的三神器逃到吉野山中，坚持自己才是正统，足利尊氏则在京都建立室町幕府，于是出现京都（北朝）和吉野（南朝）两个对立的朝廷。
南北朝的征战持续将近60年，1392年，足利义满逼南朝的后龟山天皇让位，由室町幕府拥立的北朝后小松天皇成为天皇，也终止长达57年的南北朝时期。1401年，室町幕府第三任将军足利义满为了经济利益和抗衡天皇而向明朝朝贡，明廷遂封其为“日本国王”，但幕府于7年后与明朝断交。
室町幕府末期（1467年）发生应仁之乱，标志着日本进入长达148年的战国时代。1573年，大名织田信长，亦是当时最强悍的诸侯，攻下室町幕府所在地二条御所，将足利义昭流放到河内国，室町幕府灭亡，日本进入安土桃山时代（1573年至1603年）。
1582年，织田信长在本能寺之变中，因家臣明智光秀兵变而被害。信长重臣羽柴秀吉继承其势力，继续进行统一日本的战争。1586年，秀吉受赐姓丰臣氏并就任太政大臣与关白的官职，并于1590年击败北条氏统一日本，隔年秀吉将关白一职让与过继来的养子丰臣秀次，自称太阁，以世袭的方式宣示丰臣政权的稳定。
秀吉统率大部分的大名诸侯，自1592年起发动文禄・庆长之役，攻打朝鲜。1593年6月，日本因海战失利，无法补给，加上朝鲜瘟疫流行，为保朝鲜南部四道的战果，遂派使节随同明使沈惟敬到北京议和，其间谈判使者石星、沈惟敬与小西行长合谋欺瞒蒙混中日双方，使得明朝在册封秀吉为日本国王时态度轻慢。9月，明朝赐封的使者抵达日本，丰臣秀吉因朝鲜王子不前来答谢而顿感大怒，拒绝受封，下令驱逐明朝使节，并将小西行长治罪，再次发兵攻打朝鲜。
1598年7月，丰臣秀吉在伏见城过世，日军开始撤出朝鲜半岛。
1600年，封地在关东地方的大名德川家康取得关原之战的胜利，基本上获得军、政上的优势。1603年，家康被任命为征夷大将军，开创江户幕府。
1615年，德川家康在大坂之役中完全消灭丰臣氏的势力，实现了日本的统一，江户幕府也成为日本实际上的统治者。江户幕府实行日本独特的封建体制“幕藩制”，将社会分为士农工商四个阶级及秽多、非人等贱民，基本上阶级间的流动受到限制。在幕藩制之下，各藩领国在经济上依赖中央政府的市场进行交易，幕府凭借经济上优势确保其统治权；但随着后期商品经济的高度发展，藩际贸易大大减少各领国对中央的依附性，各藩表现出明显的独立倾向，瓦解了幕藩体制的政治基础。
日本第一次接触欧洲人是在1543年，当时一艘葡萄牙船漂流到鹿儿岛的种子岛。时日本正值战国纷扰，葡萄牙人将火枪带入日本，并快速普及，基督教也在这时进入日本[51]。然而，传教活动与发达的贸易逐渐威胁到江户幕府的统治，于是幕府1641年在把荷兰商馆迁移到长崎的出岛，奉行锁国政策，锁国期间日本只与荷兰和中国进行贸易。
在奉行锁国政策的200多年间，日本人通过与荷兰人经商学习西方的知识，兰学因而在日本生根发芽。直到1854年美国海军准将马休·佩里率领黑船舰队驶抵江户附近的浦贺，才重新敲开日本的国门。
日本与西方重新接触后，立即感受到自己在世界舞台长时间的缺席已造成相当程度上的落后，需要向西方学习。
幕府末年暴动频繁，幕藩体制摇摇欲坠，在西南四藩（萨摩、长州、土佐、肥前）为主的维新志士带领下，一场全国性的倒幕尊皇运动正式开展。
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