日本位于是欧亚大陆以东,太平洋西部,由3个弧状群岛(日本列岛、琉球群岛、伊豆-小笠原群岛)组成。其中北海道、九州、本州及四国四大岛的面积就占了国土面积的99.37%。日本通常被归划于东亚或东北亚的范畴,北与俄罗斯、西与朝鲜、韩国、中国大陆、西南与台湾、南与菲律宾隔海相望。
日本由6,852个岛屿组成,面积约37.8万平方公里。国土面积75%属山地丘陵地带,因此森林覆盖率高,但却不适合农耕,耕地面积仅占日本国土的11.1%。也因此日本的人口多集中在沿海地区,日本的人口密度在世界排名第37位。
日本国土狭长,南北总长3,800公里,与澳大利亚、马达加斯加、美国相近。
日本列岛按照地质构造可分为东日本与西日本两大区域,其界线为位于本州中部,新潟县糸鱼川市与静冈县静冈市之间的糸鱼川静冈构造线。日本列岛附近是欧亚板块、菲律宾海板块、太平洋板块和北美洲板块的交界地[128],同时日本列岛还处在环太平洋造山带、火山带、地震带之上,故日本为一个经常发生地震、但同时也拥有许多火山与温泉的国家。
日本最高的山峰,海拔3,776米的富士山,本身就是一座活火山。据统计,世界全部里氏震级6.0以上的地震中,超过二成都发生在日本;而日本发生的地震,释放的地震能量就占全球地震释放能量的10%。
由于日本面积狭小多山,因此河流普遍长度不长但落差较大。日本的河流在梅雨和台风季节容易形成洪水,日本政府因而修筑了大量的堤坝和水库用于防洪,同时实行水力发电。
日本最长的河川是发源于长野县,并在新潟县注入日本海的信浓川,总长367公里;而第二长的利根川也是日本流域面积最大的河川。日本最大的湖泊是位于滋贺县的琵琶湖,面积670.25平方公里。
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