明治天皇从幕府手上取回政权，幕府时代结束。
1867年末代德川幕府将军德川庆喜主动大政奉还，以明治天皇为首的新政府正式成立，江户时代结束。
1889年，新政府颁布了《大日本帝国宪法》（又称《明治宪法》），1890年举行了第一次帝国议会。在整顿内政的同时，日本也积极对外扩张版图。1867年开始的明治维新对日本进行了多项大刀阔斧的改革，在地方政治上废藩置县，废除大名制度。然而大量士族在明治维新的过程中失业，造成极大社会问题，并引发1877年的西南战争。
为安抚士族情绪，遂有出兵台湾之议。1871年10月，一艘琉球国船只于台风后漂流至台湾东南部，其中54名登岛乘客被原住民出草杀害，史称八瑶湾事件。
由于当时琉球国同时向清朝和日本朝贡，而清廷表示将事件交由日本处理，日本因而在1874年5月攻打台湾南部排湾族部落，是为“牡丹社事件”。
在驻华英国公使调停下，中日两国签订《北京专约》，后来日本政府将条文中的“琉球人”诠释为“日本国属民”，因而在1879年以此为由吞并了琉球，琉球王国灭亡。
1894年，朝鲜发生东学党起义，中日按《天津条约》同时出兵朝鲜半岛，起义平息后日本要求继续驻兵被拒，其后扣留高宗李熙，命大院君李昰应主国事，后日本称发现李昰应曾要求东学党与清军一起驱逐日军，于是不宣而战，突袭驻守于朝鲜的大清海军。随后于1894年8月1日，中日两国互相宣战，甲午战争正式爆发。
1895年2月，清军溃败，清廷被迫派李鸿章代表清廷向日本求和，并以战败国身份在日本威逼下签订了条件苛刻的不平等条约《马关条约》，日本在此条约中获得了台湾和澎湖群岛以及二亿两白银的巨额赔款。
1900年，俄国趁八国联军侵华战争时单独出兵占据中国东北，但各国与清廷议和后俄国拒不撤兵，遂与日英等国交恶，最终在1904年爆发日俄战争，日本获胜，取得库页岛（日本称桦太）北纬50度以南的部分。
1910年与大韩帝国签订了《日韩合并条约》，令朝鲜半岛合并成为日本的一部分。
二十世纪初，大日本帝国逐渐形成，日本自从发动清日战争和日俄战争，依次打败清
国及沙俄后，日军充满自信，开始成为军事帝国，对外扩张。
日本于1910年并大韩帝国入版图，是为日韩合并；并在第一次世界大战中投向协约国，向同盟国宣战，以获得德国在中国山东半岛的殖民地。1914年9月，日本向德国宣战，发动青岛战役，11月攻占青岛。
第一次世界大战使日本富强，日本进入短暂的“大正民主”时期。1918年，米价急涨，日本农村爆发米騒动事件，并演变成武装冲突，参与者逾二百万人；事后警方逮捕超过二万五千人，其中八千二百人被判各项刑罚：轻则罚款，重则处死；此事亦使寺内内阁下台。
由于当时日本内地的大米供不应求，因而增加生产朝鲜和台湾的大米，并进口更多的外地大米至内地，以解内地缺米之忧；朝鲜和台湾对内供米减少，朝鲜农民祇能从满洲进口杂粮充饥。
翌年，台湾总督府宣布，开始台湾日治时期极重要的水利工程——嘉南大圳，并于1930年竣工。1923年9月，日本关东大地震，死亡人数达十三万人，日本经济遭遇重创；1927年4月，由于日本政府救济台湾银行失败，陷全国金融于险地，史称“昭和金融恐慌”；1930年，世界经济陷入严重衰退，日本未能幸免。
在此期间，滨口、犬养和冈田内阁为挽救经济，主张削减军费，使军部和右翼组织不满，三人亦先后被暗杀。
1931年，日军发动九一八事变，入侵中国东北，扶植傀儡国家满洲国；再于1932年，在上海发动一·二八事变。1936年2月26日，发生了二二六事件，广田弘毅组阁，建立以天皇及军部为本的法西斯体制。1937年7月7日，日军策动卢沟桥事变，正式入侵中国，引发中日战争。
战时日军占领华东平原，包括首都南京，并试图以南京大屠杀逼中国军民屈服，估计被杀人数约三十万人，蒋中正率领的国民革命军祇能退守中国西南一带。但其后战情僵持不下，令日军陷入消耗战；旷日持久，消耗日军大量人力、物力和财力，加上欧美对日本禁运，石油和钢铁等，不得运往日本。因此军方孤注一掷，发动“大东亚战争”，向南亚继续扩张，史称太平洋战争。
1941年12月，日军偷袭夏威夷的美军基地珍珠港，并正式向美国、英国和荷兰宣战，同时开始进军东南亚等太平洋地区。日军起初连战皆捷，然而大日本帝国海军在中途岛战役大败，成为太平洋战争的转捩点。
1938年以来，日军以“扫荡”、“三光作战”，试图稳定中国的日占区，但仍无法扭转整体局势。
战争后期，美国海军陆战队接连攻下硫磺岛和冲绳岛，美军B-29轰炸机随即密集轰炸日本本土，许多城市遇袭，市民伤亡惨重、工业设施尽毁，并重创日本的飞机工厂和机场。
1945年8月6日和9日，美军依次在广岛市和长崎市投下两枚原子弹；同时苏联亦于8月8日对日本宣战，占领日属满洲。8月15日，裕仁天皇以电台广播宣布投降。9月2日，日本政府签署降伏文书，接受波茨坦宣言，并将领土范围限于本州、北海道、九州、四国以及其他指定岛屿。第二次世界大战正式结束。
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