伊斯兰教（什叶派）为国教，98．8%的居民信奉伊斯兰教，其中91%为什叶派，7．8%为逊尼派。
波斯文化孕育出三种主要的宗教:琐罗亚斯德教、巴哈伊信仰及对圣奥古斯丁在他成为基督徒前产生巨大影响的摩尼教。玛兹达教(Mazdakism)是古伊朗的另一种宗教，它被称为是第一个共产意识形态。玛兹达教及摩尼教是琐罗亚斯德教的分支，琐罗亚斯德教被认为是一神教的始祖。
在萨法维帝国崛起前，逊尼派一直是主导波斯大部分地区的伊斯兰派系，除了塔巴里斯坦的栽德派、白益王朝及完者都统治时期、阿萨辛派及萨尔巴达尔(Sarbadars)。在九个世纪内，尽管逊尼派占著主导地位，许多逊尼派教徒都趋向什叶派，什叶派的三个分支十二伊玛目派、伊斯玛仪派及栽德派(Zaidiyya)在伊朗部分地区盛行。在那个时期，什叶派在库法、巴格达、纳贾夫及希拉(Hillah)有所滋长。什叶派是塔巴里斯坦、库姆、卡尚、埃瓦吉(Avaj)、萨卜泽瓦尔(Sabzevar)的主要教派。在许多地区，什叶派及逊尼派教徒并存。在近代，伊斯玛仪派教徒形成了一个印伊语系社区。
萨法维帝国时期之前的伊朗学者和科学家，如伊本·西那、贾比尔、萨尔曼(Salman
Farisi)、法拉比及纳西尔丁·图西(Nasīr Dīn Tūsī)都是什叶派穆斯林。许多重要的逊尼派穆斯林科学家、学者及名人都是波斯人或具有波斯人血统，包括阿布·达乌德(Abu Dawood)、哈基姆·尼沙布里(Hakim Nishaburi)、塔巴拉尼(Tabarani)、安萨里、提尔米兹(Tirmidhi)、纳萨伊(Nasa'i) 及法赫尔丁·拉齐(Fakhr Din Razi)。逊尼派哈乃斐派教法学的创始人阿布·哈尼法(Abu Hanifa)都被广认为具有波斯人血统。
伊朗第一个什叶派政权萨法维王朝宣扬十二伊玛目派，在其领土奉行十二伊玛目派的法规，支持教派的学术研究。十二伊玛目派的阿訇"打造了一套国家体制的理论"，认为当在"没有确切的正当时"，萨法维王朝的君主政制是"等待救世主降临时最理想的政制"。
现时，信奉十二伊玛目派的波斯什叶派穆斯林被逊尼派的哈乃斐派取代。在伊朗南部及库尔德人当中则有数量可观的沙斐仪派逊尼派穆斯林，占少数的伊斯玛仪派穆斯林则散落在各地。一些社区则信奉什叶派的苏菲主义。祆教徒、基督徒、犹太教徒及巴哈伊信仰的教徒都各自形成了一些较小的社群，巴哈伊信仰在伊朗是这些少数宗教里最大的宗教。一些波斯人是无神论者及不可知论者。
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