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达赖喇嘛
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封号 护国弘化普慈圆觉大师
出生 1876年6月27日
第十五绕迥火鼠年五月五日大清卫藏达布地区朗顿村
坐床 1879年7月31日
第十五绕迥土兔年六月十三日
西藏拉萨布达拉宫
圆寂 1933年12月17日（57岁）第十六绕迥水鸡年十月三十日西藏拉萨罗布林卡格桑颇章宫
十三世达赖喇嘛一生处在英国和俄罗斯争夺中亚霸权的大博弈的时代，而当时的大清治下的西藏正处于二者争夺的地区之中。他在外交上周旋于英国、俄罗斯，内部和末期的清政府之间保持距离，使西藏得以保持半独立的自治地位，威望也因此得以提高。他曾经历过英国的两次入侵，流亡在外。在英属印度流亡期间，不同于大清治下落后的西藏，印度所拥有的欧洲式现代化科技和高雅的文化令他大开眼界，使他确立了改革西藏的决心。
辛亥革命后，清政府被推翻，西藏很快在列强争霸中，陷入动荡之中。他自大吉岭返回西藏，并在1913年宣布西藏独立，不过这个行为是像征性的，因此西藏与中华民国尚存模糊不清的关系，后民国时期沿袭清朝版图，便据此设立管理蒙藏事务的蒙藏院，并任命中央驻藏办事长官，直属国务总理，例行清朝驻藏大臣职权。1929年蒙藏院改制为蒙藏委员会。引发后来西藏主权归属问题的纠纷。他也被西藏流亡政府认为是西藏独立运动的先驱。
十三世达赖喇嘛在1913年至1933年期间是西藏事实上政教合一的最高领袖，在此期间，他为西藏的政治、经济、宗教改革以及现代化建设作出了巨大贡献，在近代西藏历史产生了重大影响。中共学者和藏族人民都不同程度地给予他肯定的评价。西藏流亡政府更是认为他是继五世达赖之后第二位伟大的达赖喇嘛，给予他相当正面的评价。 不过，他在位期间实行神权政治，维持农奴制的压迫，并以严酷手段打压政敌的行为受到了一些人士的批评，称他为“ 独裁者 ”。
早年生涯
1886年，达察呼图克图圆寂，由九世第穆呼图克图继任摄政。1887年6月，由于生钦·洛桑班丹群培违反禁止与外国人私自来往的规定，接待了英属印度藏学家萨拉特·钱德拉·达斯，生钦活佛被投入雅鲁藏布江溺杀，达赖喇嘛禁止他转世，寺产被没收，徒众逃散。
1888年，英军入侵锡金，并进入西藏的隆吐山。第穆组织藏军抵抗，伤亡惨重。
1890年，清朝与英属印度在加尔各答签订《中英藏印条约》，承认锡金（哲孟雄）是英国的保护国，并割让了西藏的部分领土。这严重侵犯了西藏利益，受到西藏高层的强烈反对。
1895年，20岁的达赖喇嘛在布达拉宫举行亲政大典。第穆呼图克图被免去摄政职务，回到丹杰林寺。然而，第穆对达赖的亲政非常不满，试图谋杀达赖，以重掌摄政大权。他将达赖出生年月日写在符咒上面，埋在布达拉宫四周、桑耶寺的海布山上以及其他神地，进行诅咒。又在一双靴子的靴底里面缝了达赖出生年月日之符咒，然后送给达赖。达赖感觉不适，便求助于乃琼护法。乃琼护法发现了靴底的符咒，经过一系列线索进行追查，最终发现了第穆的阴谋，这就是妖鞋事件。
1899年，第穆狱中圆寂，有人说第穆自害，有人说第穆被饿死，也有人说第穆被溺死，达赖却说并未处死或赐死第穆，而是第穆在谨慎处分中自己病死，但从此禁止第穆呼图克图转世。
英国入侵和首度流亡
1897年，西藏政府在边界捕获英国军官，他们自印度偷偷潜入藏印边界，绘制地图。土登嘉措相信这是英国侵入西藏的前兆，阿格旺多杰向土登嘉措建议西藏向俄罗斯寻求保护。
1902年，阿格旺多杰出使俄罗斯，北京报纸报导此事。英国认为这代表了俄罗斯势力即将进入西藏。1903年，英国驻印度军队在荣赫鹏的率领下由锡金入侵西藏，沿途击溃西藏军队。次年八月，英军兵临拉萨城下。荣赫鹏多次要求与十三世达赖会面，但达赖认为英国阴谋把西藏变为如印度土邦一样的附庸国，因而不愿同英国人谈判。他决定离开拉萨寻求帮助。临走前，他指定三世策墨林呼图克图为摄政代理自己处理一切事务。他逃往安多地区，驻锡于塔尔寺（在今青海省境内）。在阿格旺多杰的劝说下，他又前往外蒙古的库伦（今蒙古国乌兰巴托）暂住，并同时向俄罗斯和清政府求救。十三世达赖在库伦居住了一年多，驻锡于甘丹寺，在此期间，他致力于向蒙古人弘法，与第八世哲布尊丹巴呼图克图（即后来的大蒙古国的博克多汗）数次会面。根据俄罗斯驻扎在恰克图的边境官员反馈，达赖与蒙古的呼图克图、高级喇嘛和王公们商讨脱离中国独立建国的事宜，并寻求俄罗斯的帮助以避免流血冲突。如果俄罗斯不帮助，他将向敌对的英国寻求帮忙。
1904年9月7日，英国与西藏三大寺代表签定拉萨条约。当时廓尔喀（尼泊尔）代表、布鲁克巴（不丹）代表以及驻藏大臣联豫都在场，但联豫没有参与签字。事后，联豫拒绝履行条约的内容，并向清廷告发达赖喇嘛。清廷便认定此条约是达赖所授意，下令剥夺了他的达赖喇嘛封号，把拉萨事务交给九世班禅喇嘛管理，并由他代替达赖喇嘛的名号。九世班禅拒绝清廷的要求，然而达赖和班禅这两位祖古之间的矛盾从此刻起开始产生了，后来一直没有弥补。
十三世达赖在外蒙古期间，俄罗斯人出于牵制英国的需要，也对他礼遇有加。达赖派遣自己最信任的阿格旺多杰去莫斯科求救，希望协助返回西藏，但没有得到俄罗斯的帮助。由于达赖在西藏拥有崇高威望，他与俄罗斯人的交往使得清廷担忧，于是恢复了他的封号，派蒙古王公前往宣慰。十三世达赖回到塔尔寺，准备回到西藏，但受到英国的阻挠，因为当时清廷正在与英国谈判，英国不希望达赖在此时返回拉萨。
清廷在与英国就西藏归属问题展开谈判之时，重申了自己对西藏、廓尔喀以及布鲁克巴的宗主权。
1906年，清政府与英国签定《中英续订藏印条约》，其中内容包括英国“同意不占领西藏及不干涉西藏一切政治”，以及中国“不准他国势力干涉藏境及其一切内治”。1906年10月，约翰·威斯顿·布鲁克来到西藏，在塔尔寺谒见了达赖。达赖允许他率领两支探险队来西藏。[23]布鲁克也是第一位获准在西藏合法活动的英国探险家。就在同一年，查尔斯·阿尔弗雷德·贝尔爵士获邀来到扎什伦布寺拜见九世班禅，两人就政治形势问题展开谈论。
1908年，十三世达赖到达五台山，瞻仰了第六世达赖喇嘛的避难处栖贤寺，并在普寿寺讲经半年，颇受当地百姓欢迎。在那里，他接见了一队外国使团：美国驻清公使柔克义、俄罗斯陆军上校卡尔·古斯塔夫·埃米尔·曼纳海姆（后来成为芬兰总统）、德国驻清公使馆的一位医生、英国探险家Christopher Irving、英国外交官RF Johnson以及法国陆军少校Henri d'Ollone子爵。他试图藉此增加自己的国际影响力，以使西藏脱离中国。他透过曼纳海姆向俄罗斯皇帝尼古拉二世送出祝福。曼纳海姆担心这位西藏佛教“教宗”的人身安全，因此送给他一个六发子弹的勃朗宁单膛室手枪，并附上详细的说明书。
九月，为给慈禧太后贺寿，达赖奉旨入京，觐见光绪帝与慈禧太后。达赖喇嘛进京之后，要求得到直接向朝廷奏事的权力，以摆脱驻藏大臣的约束，但遭到慈禧的拒绝。理藩部要求他用“藩臣入觐”的“ 三跪九叩 ”礼仪见慈禧，十三世达赖坚决拒绝了这个要求。
争执了数日之后，达赖为了得到清政府的帮助回到西藏，被迫作出折中的方案，如马戛尔尼谒见乾隆帝时一样，行单膝跪地之礼，但仍拒绝叩头。
九月二十日，由理藩部尚书带领，先登仁寿殿北间谒见慈禧，跪献哈达；九月二十五日慈禧宴请之时，他也“跪迎跪送”。其接待规格也远远低于五世达赖和六世班禅，但他在会见慈禧的时候仍像五世达赖一般，获得与清统治者“平起平坐”的资格。数日后，光绪帝与慈禧太后驾崩，达赖为光绪帝举行葬仪。溥仪继位，封达赖为“诚顺赞化西天大善自在佛”。
川军入藏和二度流亡
英国外交官查尔斯·贝尔爵士（左）、十三世达赖喇嘛（右）和锡金国王锡东祖古南嘉（中间站立者）在加尔各答。摄于1910年3月。
慈禧太后试图将十三世达赖留在北京，不让他返回西藏，以便清廷对康区的藏族土司顺利地“ 改土归流 ”。此时康区正在经历着重大的历史变革，巴塘、理塘、德格等众多颇具名望的藏族土司被清廷强制废除。这件事情的起因可以追溯到1905年的巴塘事变。驻藏大臣凤全因为鼓励汉人到康区垦荒，又允许天主教传教士在当地传教，遭致当地藏人的不满而被杀。满清很快便派川滇边务大臣赵尔丰等人前去将作乱者平定。赵尔丰在当地肆意屠杀藏族僧民、破坏藏传佛教文物和文献。藏人十分痛恨他，称他为屠夫。赵尔丰乘胜攻灭波密土王，并上奏清廷要求出兵西藏，进行“革教易俗”的政策。清廷认为此举太过激进，为避免事端，拒绝了这个提议。
北京之行使得十三世达赖对清廷不满而且非常失望，便在国殇之机提出要重返西藏。清廷无法强留，只得答应了这个要求。1908年12月，达赖离开北京。翌年1月到达塔尔寺，筹备返回拉萨的工作。6月2日，达赖从塔尔寺起程出发。8月行至通天河一带，达赖得知了川军进入西藏的消息。
西藏事务本由清政府派遣的驻藏大臣与达赖喇嘛共同管理，到晚清时期驻藏大臣的权力逐渐消失。驻藏大臣联豫与达赖之间的矛盾颇深，并受到西藏高层的普遍敌视。在达赖尚未抵达拉萨之时，联豫以改革西藏政制、巩固边防为由，奏请派遣四川驻军入藏。清廷令四川总督赵尔巽出兵西藏。达赖得知后，命令戴琫改桑坚参等率藏军严阵以防，川军和边军分别由锺颖和赵尔丰率领，进入康区的察木多（今昌都）。川军和边军都是持新式武器的新式陆军，藏军无法抵抗，大败溃散，赵尔丰便率边军攻占霍尔三十九族、波密、八宿等地，将当地土司强制废除，改土归流。达赖行至那曲，得知藏军溃败的消息。他派人前往江孜，在那里向清廷及各国驻清公使发出电报，对清廷“欺压藏胞、不守信义”的越轨行为表示严正抗议。噶厦政府和和西藏各界僧侣联名致电清廷，控告联豫和赵尔丰，要求将二人撤职。
12月21日，十三世达赖回到拉萨，受到西藏各界人士的欢迎。联豫也率属吏出迎，达赖喇嘛对他敌意颇深，视而不见。联豫便恼羞成怒，派人宣扬达赖私自运来俄罗斯军械，亲至布达拉宫检查，又派人去那曲搜查达赖的行李，但均未能发现任何枪械。达赖对此大为愤怒，下令中止为驻藏大臣提供粮草等必需品，并切断了清廷的驿站联系。
1910年2月，川军逼近拉萨，十三世达赖喇嘛感到事态严峻，在2月11日约见帮办大臣温宗尧，希望其令川军停止越轨行为。温宗尧同意约束川军不再骚扰百姓，不侵害达赖喇嘛固有地位。在得到温宗尧的保证后，他将在各地阻击川军的藏军调回拉萨。然而，联豫却不承认任何承诺，对温宗尧还大加斥责。联豫拒绝在给达赖喇嘛的复信上签字盖章，甚至调集他的卫队开枪攻击布达拉宫。2月12日，川军的先锋部队在联豫卫队的接应下进入拉萨，宣布剥夺达赖喇嘛行使的政务权力，仅保留宗教领袖头衔。川军开枪袭击藏军、当街劫持殴打西藏高层官员，还开枪袭击大昭寺、布达拉宫等佛教圣地，奸淫掳掠，无恶不作。拉萨局势失控，达赖召开紧急会议，委任三世策墨林呼图克图全权管理事务，并于午夜带领六名噶厦官员及护卫人员逃离拉萨。联豫得知后派兵追赶。擦绒·达桑占堆率当地藏军阻击，达赖喇嘛一行最后得以脱身，并在亚东英商务处代理麦克唐纳的帮助下，经由锡金到达英属印度的噶伦堡。联豫立即奏请革去土登嘉措“达赖喇嘛”的封号。2月15日，这一建议获得清廷的批准，同时令联豫依例寻访灵童，另立新达赖喇嘛。
在长期的流亡生涯中，达赖喇嘛意识到外交关系的重要性。他呼吁世界各国干预，让中国撤兵。英属印度总督明托伯爵一直致力于恢复达赖与英国之间的关系。清廷派罗长裿前去大吉岭，试图劝说他回拉萨，被他拒绝了。
达赖自此与他的支持者们获得英国的政治庇护，居住在大吉岭。他受到明托伯爵的邀请，来到加尔各答访问。在那里，他了解了西方的政府制度及工业科学，并且开始希望西藏能够现代化。1911年，中国爆发辛亥革命，驻扎西藏的清朝军队也随即陷入内乱。根据当时民国报刊报导，先前由锺颖带入西藏的川军全是由“流民无赖”组成，他们在拉萨奸淫掳掠，无恶不作，藏人莫不切齿痛恨。
十三世达赖得知后，在大吉岭发布《告民众书》，宣布西藏独立，号召藏人将所有汉人驱逐出境。亲汉的喇嘛和噶厦官员都被逮捕处死。擦绒·达桑占堆将军组织了一万多名民兵，围攻各地的清军，最终在1912年（水鼠年）将清军及官员全部解除武装。经尼泊尔驻拉萨代表从中斡旋，西藏透过英属印度，将这些前清人士引渡给中华民国方面。“ 水鼠年起义 ”后，西藏成为事实上的独立自治政体，直到1951年中国人民解放军进入西藏为止。即便是主张中华民国政府曾对西藏拥有主权的中国学者，也不得不承认在这段时期里“中央政府与西藏地方的关系极为不正常”。
重掌西藏大权
1913年1月，达赖自大吉岭回到拉萨，结束了他多年的流亡生涯。2月14日（藏历水牛年正月初八日），他发表“ 水牛年文告 ”，正式宣布解除与中国皇帝之间的“供施关系”，并宣布实行体制改革等新政。这份文告被部分学者认为是“西藏独立宣言”。
在掌握西藏大权之后，他着手推行西藏的现代化进程，改进了货币、邮政、电讯设施等，强化了西藏地方军事力量，创办了藏医院。
1912年底，西藏成立自己的中央银行（欧康），推出了第一套纸币，又推出了第一套邮票。
1918年，他下令把藏军军旗雪山狮子旗确立为西藏国旗。1913年，在大昭寺旁建立了西藏历史上第一个现代化的藏医学院Mentsikang。他从英国引入了司法制度，以遏制当时西藏广泛存在的政治腐败行为。税收制度也被引入了西藏，成为一支强大的政治力量。他还将刑法修订之后推行于西藏全境，废除了死刑并减少了肉体刑罚。监狱中犯人的生活条件得以改善，官方定期派人视察以保持这些状况。
此外，他还制定了狩猎和林业的管理制度，又改革了西藏的寺院制度。世俗教育制度被引入和融入到宗教教育体系中。达赖喇嘛派遣了四名高材生去英国留学，受到日本人、英国人、美国人在内的外国人的欢迎。
透过与彼得·库兹米奇·科兹洛夫、查尔斯·阿尔弗雷德·贝尔、卡尔·古斯塔夫·埃米尔·曼纳海姆等外国政要和代表们的接触，达赖喇嘛表现出对世界事务的很大好奇心，他批准成立茶叶种植园，还把电讯设施、电话和汽车引入了西藏。
1913年，也就是十三世达赖宣布西藏独立的同一年，他下令组建西藏历史上的第一支正规军。
此前，西藏一直只存在民兵性质的军事机构，他们的战斗力比各寺庙的僧兵都要低下。在“水鼠年起义”中，亲清的哲蚌寺的僧兵给予效忠达赖的民兵以沉重打击。
十三世达赖意识到了这一点。在西藏事实独立后，他立即着手组建效忠于自己的新式正规军，任命擦绒·达桑占堆将军为藏军总司令，聘请英国教官来训练这支藏军。
不过，十三世达赖喇嘛的改革政策侵犯了许多僧侣和贵族的利益，遭致他们的强烈反对，其中包括与他长期不和的九世班禅喇嘛。
1920年，达赖指派龙厦·多吉次杰与洛桑坦杨负责军队财务，以加强藏军的军事实力。他们要求班禅管辖的扎什伦布寺及其附属寺院交税，遭到班禅强烈抗议和拒绝。
1923年，愤怒的达赖决定派军队前去逮捕班禅。班禅喇嘛在拉萨的官员被逮捕，其属下也被禁止出任中国的官职。班禅喇嘛察觉到对自身的威胁，便藉沐浴之期秘密出逃，经羌塘逃往甘州、凉州，最后逃到了内蒙古。班禅最后到达北京，将西藏政局告诉北洋政府的大总统曹锟，建议他“整饬边防”。此后，班禅喇嘛在公开场合多次声称“西藏是中国领土”。
班禅喇嘛出逃之后，多次送出对达赖喇嘛不利的批评信件，挑战西藏噶厦政府的权威。许多僧侣认为班禅的出逃是达赖将西藏军事化和世俗化的结果。他们散布擦绒将军将要政变的谣言，达赖相信了这个传闻，将擦绒罢免官职。改革的重要支持者被罢免，这正中他们的下怀。
僧侣和贵族的联合抵制改革，致使许多政策最终无法推行。后来，他的继任者十四世达赖喇嘛也曾做出过类似的尝试。[50]藏军装备和战斗力落后，以至于后来在1950年根本无法抵抗在国共内战中节节胜利的中国人民解放军。
外交关系
对于外交方面，他经常亲自处理同英国驻锡金政治专员、尼泊尔国王之间的外交，而不是交给噶厦去处理。
中华民国成立后，袁世凯恢复了他的达赖名号，但他却回复称对中国授予的名号不感兴趣。
早在西藏驱逐清朝势力之前，外蒙古哲布尊丹巴集团驱逐了清朝官员宣布独立，拥戴第八世哲布尊丹巴呼图克图为博克多汗，建立大蒙古国。
1913年1月11日，达赖的代表阿格旺多杰出使蒙古国，在库伦签订蒙藏条约，互相承认对方的独立主权地位，然而条约的有效性备受质疑。10月，他派出夏扎·班觉多吉，率领西藏代表团参加西姆拉会议，与英国、中华民国代表谈判。
1914年7月，英国与西藏签订《西姆拉条约》，将西藏划分为“外藏”、“内藏”两部分，“外藏”大致相当于卫藏和康巴西部，“将继续由拉萨西藏政府管辖，以中国为宗主国，但中国不会干预其行政”；“内藏”大致相当于安多和康巴东部，将在中国政府的管辖之下。在西姆拉条约中，英国承认西藏独立，划定麦克马洪线为藏印边界，又在条约附件中划定了中藏的边界。
中华民国则以“西藏为中国领土之一部分”为由退出了谈判。由于中国代表没有在条约上签字，麦克马洪线一直不被中国政府承认。西姆拉条约也为后来中国与印度的阿鲁纳恰尔邦（中国称“ 藏南地区 ”）的边境纠纷埋下了伏笔。
与周边势力的领地纠纷
西藏噶厦政府宣称包括卫藏、安多和康区在内的所有地区都是西藏辖境。然而，安多和康区的部分地区分别被军阀马家军和川军控制。1914年，北洋政府划定康定以西（包括金沙江以西的今昌都地区在内）为川边特别区，受四川省管制，引起达赖的极大不满。1917年，藏军攻打川边，攻破昌都，川军指挥官彭日升向藏军投降，史称第一次康藏边界纠纷（或第一次中藏战争）。1919年，北洋政府对外表示经过协商，达赖表示愿意服从民国政府。1920年至1922年，藏军再度攻打川边，夺取德格、甘孜等地，史称第二次康藏边界纠纷（或第二次中藏战争），自此康区大部分地区归属于西藏统治之下。
1929年，刘曼卿以中华民国国民政府代表的身份赴拉萨商议藏事。她回到南京后，国民政府便对外宣称“达赖拥护国民政府，愿意恢复中央与西藏的传统关系。”对此事件，后来西藏流亡政府回应称，刘曼卿仅仅是中国总统的私人代表，藉向达赖喇嘛献礼为名，其实却提出希望西藏与中国进行商谈的要求。十三世达赖不仅没有答应，并指出一切商谈都必须由藏、中、英三方代表会晤下才可以进行。当时西藏官方的藏文文件则记载十三世达赖的回答是：“对西藏政教事业皆有益处的幸福之本是太平，为此通过协商如逐步签订条约，则定能稳固长久”，并强调西藏与中国的传统关系是“盟誓坚贞的施舍关系”，必须维持“西藏自主独立的权益”。但根据刘的回忆，达赖喇嘛直接向她表达了同国民政府主席建立更密切联系的愿望。
1930年，甘孜的大金寺与白利土司发生纠纷，白利土司处于劣势，向川军寻求帮助。川军将领刘文辉便以此为借口侵占了这个地区，史称青藏战争（或第三次康藏边界纠纷、第三次中藏战争）。不久，藏军将川军驱逐。国民政府得知此事，派穆斯林官员唐柯三前来调解。但唐柯三奉蒙藏委员会委员长马福祥之命，存心破坏和谈，致使在翌年和谈破裂。藏军多次攻打川军，受挫后，转而攻打占据安多的马家军。马家军首领马步芳随后与刘文辉结为同盟，共同对付藏军。安多和康区大量地区失陷，使达赖十分震惊，透过英属印度向国民政府施加压力。在国民政府的要求下马刘联军与西藏互派代表签订《岗拖停战协定》，康藏以金沙江为界；1933年6月15日，正式签订《青藏和约》，马家军退回青海。
圆寂
十三世达赖于1933年11月30日（藏历水鸡年十月十三日）起开始出现类似流行性感冒的症状，体现出疲惫的状态。12月9日（藏历十月二十二日），御医强巴益西向他进献藏药“罗布顿汤”（七宝汤），但仍未见好转。12月11日，十三世达赖按照惯例对“下密院”僧众给予“冬季接见”的摸顶加持仪式，颇受劳顿，后来开始发烧。翌日因身体不适，未按惯例给予“上密院”僧众给予“冬季接见”，并缺席了燃灯节活动，引起大家议论纷纷。14日，近侍官坚塞·土登贡培亲至乃琼寺，请乃琼护法罗桑索朗前来看病。翌日，乃琼护法来到十三世达赖居住的罗布林卡格桑颇章寝宫中看病，当时只有坚塞·土登贡培、乃琼护法和御医强巴益西三人在场。12月17日（藏历十月三十日），十三世达赖病恶化，在傍晚时分圆寂，享年五十七岁。
十三世达赖在临终前预言中国必然将会入侵西藏；他要求藏军进行全面地现代化，以避免西藏被并吞。
按照藏传佛教高级僧侣的丧葬传统，由坚塞·土登贡培主持，将他的遗体按照传统涂上香料进行防腐处理，葬于灵塔之中，放在布达拉宫给人瞻仰。当时的国民政府主席林森、行政院长汪兆铭、军事委员会委员长蒋中正等人为祭奠十三世达赖赠送了一件金质酥油灯，于1934年派遣致祭专使黄慕松送到西藏，同时追赠十三世达赖为“护国弘化普慈圆觉大师”，并颁赐玉印、玉册。
十三世达赖从患病到圆寂前后仅仅经历十七天之久，其病情除了身边亲近的人之外，就连噶厦政府的不少高级官员都不知情，因此西藏官场普遍有土登贡培串通乃琼护法把达赖谋杀的传闻。土登贡培最受达赖信任，原本被认为是摄政的不二人选。然而，甚嚣尘上的传闻迫使噶厦政府对达赖的突然死亡进行追查。噶厦召开“民众大会”，噶厦中高级官员、拉萨三大寺堪布代表和僧俗各界代表参加，召见土登贡培、乃琼护法、强巴益西三人，要求三人对此进行解释。强巴益西声称乃琼护法在达赖圆寂前托以神谕之名进献了“羌灵包乌十四味药”，致使病情恶化；他曾试图阻止，未果。土登贡培亦声称乃琼护法进献药物。土登贡培还辩解称自己曾多次计划向噶厦政府报告病情，但达赖喇嘛担心惊动全体僧俗官员来献平安礼物打扰自己休息，执意不允。乃琼护法则声称当时被神附体，什么都不知道。最终，经过审判三人都有过失，罢免官职流放外地。
十三世达赖的突然圆寂至今仍是个谜，也有官员认为土登贡培等人是被诬陷的。噶厦政府决定由五世热振呼图克图出任摄政。其后，龙厦·多吉次杰将军谋求以激进的方法实行民主改革，并要求彻底割裂同中华民国的关系，后来被捕并处以挖眼之刑。
十三世达赖的遗体趺坐接受瞻仰期间，人们发现他的头从朝南转向朝东北。负责主持转世灵童寻访工作的五世热振因此在拉萨的东北方向寻找灵童，并在安多地区找到了。这名灵童最终被确认为新的达赖喇嘛，他就是现任的十四世达赖喇嘛丹增嘉措。
2011年6月10日，十三世达赖喇嘛的祖传故居在短时间内被中国政府强制拆除。此前，十三世达赖家族成员曾公开呼吁拉萨市政府保护文物遗址，但政府回应称该地区属军事单位管理，他们无权制止。事后，中国政府否认任何相关责任问题。
评价
十四世达赖喇嘛在其自传中说：“我家的生活十分简朴，却也幸福与满足。这满足多归功于十三世达赖喇嘛土登嘉措。他是多年的西藏政教的领袖。在他统治期间，他阐明和界定了西藏作为一个独立国家的地位；他也在改善人民生活上取得了巨大的成就。……在他的毕生努力下，西藏人民开始享有一个长时期的安宁和繁荣的年代。”
五世桑东仁波切说：“十三世达赖喇嘛毕生为西藏努力奉献。”
西藏流亡政府及流亡人士说：“从1895年8月8日开始承担政权起，他就被卷入独裁政治的苏联，和英国殖民地印度扩张帝国版图所耍的政治游戏中。经历了1904年英国的入侵西藏，及1909年中国对他国家的侵犯，这两次经验的存活，使他的权威大大提升。”
中国学者多杰才旦说，“十三世达赖喇嘛所处的时代是一个极其复杂，且政治跨度相当巨大的时代，这个特殊的时代背景造就了他一生的坎坷与曲折，困惑与迷茫，矛盾与冲突，也使得他的功过是非很难用简单的一句话来说清，恐怕应当划分出几个阶段进行评析才能得出比较客观的结论。然而，终其一生，十三世达赖喇嘛从未向外界宣布过西藏独立，特别是在其最后的几年时间里，更是以积极的态度试图弥合与中央政府之间的裂痕，因此，对他的整体评价仍然是值得肯定的。 ”中国作家王力雄说，十三世达赖喇嘛在北京期间，“贴近地目睹清王朝的腐朽和没落，肯定会进一步加强他摆脱中国控制的决心”，“在外流亡五年时间，极大地开阔他的了眼界，磨练了意志，建立了关系，使他从雪山深处的神王变成了一个民族领袖和政治家。赵尔丰、联豫等在康区和西藏实行的新政，被十三世达赖喇嘛视为从根基上毁灭西藏社会，深深地刺激他。慈禧与光绪一死，他立刻就踏上回西藏的归程，并且在途中就开始遥控藏人进行抗争。”他还认为，在“中国入侵西藏”之后，十三世达赖选择先前的敌人英国作为避难所，“反映了十三世达赖喇嘛作为一个政治家的大胆和灵活。”
英国外交官查尔斯·阿尔弗雷德·贝尔认为“十三世达赖是名符其实的独裁者；对他的国家来说，比希特勒和墨索里尼有过之而无不及；他不能像他们那样用三寸不烂之舌，更不能用无线电广播（即便有广播的这一套东西）来谋取地位。但他有比口才或无线电更厉害的东西，因为他能在今生与来世里进行赏罚。让你来世当猪或做人，当大官或当大喇嘛。”
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