2019冠状病毒病疫情期间，纽约时报在Twitter上发送的两条推文分别对中国和意大利的封城行为持不同态度，被中国大陆媒体质疑双重标准。
2020年3月18日，中华人民共和国外交部宣布，针对美方将5家中国媒体驻美机构列为“外国使团”，中方对等要求美国之音、《纽约时报》、《华尔街日报》、 《华盛顿邮报》、《时代周刊》等5家美国媒体驻华分社向中方申报在中国境内所有工作人员、财务、经营、所拥有不动产信息等书面材料。
中华人民共和国外交部要求《纽约时报》、《华尔街日报》、《华盛顿邮报》年底前记者证到期的美籍记者从即日起4天内向外交部新闻司申报名单，并于10天内交还记者证，今后不得在中华人民共和国，包括香港、澳门特别行政区继续从事记者工作。
2020年7月14日，因《港区国安法》为香港前景带来不确定性，《纽约时报》宣布将设于香港的电子新闻营运搬到韩国首尔；而该报记者储百亮（Chris Buckley）在港工作签证亦被拒绝延长，但没有解释原因。储百亮在2020年5月被中国政府拒绝延长其记者签证。
纽约时报的网站于2008年10月16日（周四）晚被中国大陆防火长城屏蔽，本次封锁于20日被解除。
《纽约时报》中文网自2012年6月28日上线以来至2012年10月26日止，整个网站没有被中国大陆完全屏蔽，但会对其中一些当局不愿意看到的文章进行个别动态封锁。而在中文网未推出前，英文网站曾不时被完全封锁。
在中文网上线的前一天，即2012年6月27日，《纽约时报》在中国大陆各个网站开通认证微博，但一天后，被销号的中国网站有：
新浪（weibo.com/nytchinese）
网易（t.163 .com/nytchinese）
搜狐（nytchinese.t.sohu.com）
腾讯（t.qq.com/nytchinese）
2012年10月26日，中文网刊登了一篇揭露中国领导人家属累积巨额财富的文章《总理家人的隐秘财富》后，nytimes.com全站的IP地址在中国大陆被完全屏蔽， “.nytimes.com”被防火长城加入URL关键字列表。同时，《纽约时报》的新浪微博账号被强制删除，用户在新浪微博搜索“纽约时报”时，系统会提示“根据相关法律法规和政策，搜索结果未予显示”的信息。
同日，中文网又刊登了一篇文章“《纽约时报》网站在中国大陆遭屏蔽” ，表明了自己的观点。另不把《总理家人的隐秘财富》置于头版。此前，彭博新闻社因报导习近平的财富，网站同样被完全封锁。
GreatFire为《纽约时报》在CloudFlare等云服务供应商上建立了多个镜像，并在Github上存放了镜像的网址，以规避防火长城的封锁。2015年3月，Github及这些云服务供应商皆遭到分布式阻断服务攻击攻击。在这些攻击中，防火长城似乎被用作了武器，将流经它的海量网络流量中的一部分，指向这些网站，使目标网站过载。北京中央政府的这种做法，既利用也损害了本国的互联网公司百度，它是中国最大的搜索引擎。那些攻击手段似乎劫持了本应流向百度的广告和分析流量，然后再将那些流量转移到较小的网站上。巨大的数据流可以起到让那些网站瘫痪的效果。
2015年7月，《纽约时报》发布了新版本中文手机应用，采用了不同的文章检索方式，能够绕过防火墙的封锁。但在2016年底，时报的中英两版应用在苹果公司App Store中国区均遭下架，苹果公司称“被告知该应用违反当地法规”。《纽约时报》方面要求苹果公司重新考虑此决定，向国家互联网信息办公室提出疑问则未得到回应。
2018年10月24日，《纽约时报》报导指美国总统特朗普打电话时时常被中国间谍监听，中国外交部随后嘲讽《纽约时报》的报导是“fake news”（假新闻）在角逐奥斯卡最佳剧本奖，之后特朗普本人也称其为假新闻。
2019年1月27日，美国作家内森·瑞克制作的影片中说《纽约时报》在报导与中国医疗相关的新闻时，通过篡改译文、混淆黑白、偷换概念等手段来抹黑中国，并批评其行为“有悖于新闻道德”。
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